Kể từ khi cúm A/H5N1 hiện đại xuất hiện tại Quảng Đông (A/Gs/GD/1/96(H5N1)(Xu và cs, 1999) [162], có tất cả 12 genotype, bao gồm GD, A, B, C, D, E, X (X0-X3), V, Y, W, Z (Z+) và G đã được phát hiện, trong đó các chủng H5N1 của Việt Nam là loại mới biến đổi, hầu hết thuộc genotype Z, G và V
(Nguyễn Tiến Dũng và cs, 2004) [4], (Nguyen và cs, 2008) [116]. Từ năm 2002 trở lại đây, những genotype nguyên thủy của dòng Quảng Đông đã không còn tồn tại (đó là các genotype A, C, D, E), nhưng lại tiến hoá xuất hiện 8 genotype của H5N1
(V, W, X1, X2, X3, Y, Z và Z+)(Li và cs, 2004) [97], (Macken và cs, 2006) [105]. Dựa vào gen HA, sáu clade khác nhau đã được Tổ chức Y tế thế giới xác định và sắp xếp theo hệ thống danh pháp dành cho virus H5N1 thể độc lực cao, bao gồm: clade 0, HK97-like (HK/483/97); clade 1 (HK821-like, Dk/HK821/02); clade 2.3.2 (E319-like, Dk/China/E319-2/03); clade 2.3.4 (Fj584-like, Ck/Fujian/584/05); clade 3 (GX22-like, Dk/GX/22/01); clade 5 (F1-like, swine/Fujian/F1/01) (WHO, 2008) [159]. Sáu clade HA này cùng nhóm với các virus tiền thân đãđược phân lập trước đó ở Trung Quốc và Hồng Kông. Các virus tiền thân này có thể là thủy tổ của các dòng virusở Việt Nam(Wan và cs, 2008) [152] (Hình 1.11).
Nghiên cứu của Wan và cộng sự (2008) [152] cho thấy, virus cúm gia cầm A/H5N1 lưu hành tại Việt Nam giai đoạn 2001-2007 bao gồm 9 genotype (từ VN1 đến VN9) tương ứng với 6 kiểu hình kháng nguyên ( clade 0, clade 1, clade 2.3.2, clade 2.3.4, clade 3, clade 5). Genotype VN1 xuất hiện năm 2001 (thuộc clade 3), VN2: năm 2003 (clade 5), VN3: các năm 2003-2007 (clade 1), VN4: từ năm 2005 (clade 2.3.2), VN5: năm 2005 (clade 0), VN6: từ năm 2007 (clade 2.3.4), VN7: từ năm 2007 (clade 2.3.4), VN8: từ năm 2007 (clade 2.3.4), VN9: từ năm 2007 (clade 2.3.4).
Hình 1.11: Sự xâm nhập của virus cúm A/H5N1 độc lực cao vào Việt Nam
Chủng virus A/H5N1 thuộc clade 2.3.4 xâm nhập vào miền Bắc Việt Nam năm 2007, tái tổ hợp với các chủng virus thuộc clade 1 tồn tại trước đó, dẫn đến xuất hiện các genotype mới với nguồn gen NA và/hoặc nguồn gen khung lấy từ chủng virus thuộc clade 1 (Wan và cs, 2008) [152], (Nguyen và cs, 2008) [116]. Đầu năm 2008 chủng virus cúm A/H5N1 thuộc clade 7 được phát hiện trên gà nhập lậu tại cửa khẩu Lạng Sơn (Nguyen và cs, 2009) [117]. Năm 2011 FAO và WHO xác nhận virus cúm A/H5N1 thuộc 2 clade 2.3.2.1 và 1.1 cũng đã xuất hiện tại Việt Nam(FAOAIDEnews, 2011) [168], (WHO, 2011) [170].
Phân tích động thái lây nhiễm virus H5N1 cho thấy đa số các chủng virus có chứa các gen mới đều được phát hiện đầu tiên ở miền Bắc Việt Nam, tiếp đó lan truyền tới miền Nam sau khi đã tái tổ hợp với các chủng virus tồn tại trước đó ở miền Bắc (Wan và cs, 2008) [152].
Các chủng H5N1 phân lập tại Việt Nam trong những năm 2004-2006, thuộc phân dòng Quảng Đông, tập trung chủ yếu là genotype Z (Smith và cs, 2006) [137], (Nguyen và cs, 2008) [116]. Genotype Z được xác định lần đầu tiên tại Trung Quốc năm 2002(Wan và cs, 2008) [152]. Mặc dù đường xâm nhập của virus genotype này vào Việt Nam còn chưa xác định, các chủng virus phân lập tại Việt Nam có quan hệ phả hệ gần gũi với các phân lập virus của Trung Quốc, chứng tỏ có sự lan truyền trực tiếp virus H5N1 giữa Việt Nam và Trung Quốc(Wang và cs, 2008) [154]. Virus genotype Z lưu hành cả ở miền Bắc và miền Nam Việt Nam từ khi chúng xâm nhập, xen lẫn với những genotype phát hiện trước đó vào đầu năm 2003, tiếp tục tồn tại ít nhất là đến đầu năm 2007 (Wan và cs, 2008) [152], và được phân thành 2 nhóm: nhóm N (North) phổ biến ở Bắc Việt Nam và nhóm S (South) phân bố ở miền Nam; gần đây xuất hiện thêm genotype G (Smith và cs, 2006) [137], (Nguyen và cs, 2008)
[116]. Sự xuất hiện của genotype G có thể do quá trình tái tổ hợp của genotype W và genotype Z (Chen và cs, 2006) [46]. Năm 2007, ngoài các chủng và genotype thuộc phân dòng Quảng Đông gây dịch cúm gia cầm, còn có một phân dòng khácđã được phân lập và xác định bằng sinh học phân tử phân tích gen H5 và N1, đó là phân dòng Phúc Kiến (Nguyen và cs, 2008) [116]. Tiến hoá chủng/týp và dòng tái tổ
hợp mới thường định hình và xuất phát từ các tỉnh ở Nam Trung Quốc (Smith và cs, 2006) [137], (Wang và cs, 2008) [154].
Mặc dù đường xâm nhập và lan truyền H5N1 ở Việt Nam còn mang tính suy đoán, việc tăng cường kiểm soát nhập khẩu gia cầm và nỗ lực điều tra nghiên cứu về virus có thể giúp hạn chế sự xâm nhập và lan truyền các gen mới của virus cúm gia cầm độc lực cao ở Việt Nam(Nguyen và cs, 2009) [117].