Năm 1988, Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam được thành lập theo
Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/3/1988 của Hội đồng Bộ trưởng. Theo đó Ngân hàng Phát triển Nơng nghiệp Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn.
Ngày 14/11/1990, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng ký Quyết định số 400/CT thành
lập Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thay thế Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam. Ngân hàng Nông nghiệp là Ngân hàng thương mại đa năng, hoạt động chủ yếu trên lĩnh vực nông nghiệp, nơng thơn, là một pháp nhân, hạch tốn kinh tế độc lập, tự chủ, tự chịu trách nhiệm về hoạt động của mình trước pháp luật.
Ngày 22/12/1992, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước có Quyết định số 603/NH- QĐ về việc thành lập chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp các tỉnh thành phố trực thuộc Ngân hàng Nông nghiệp gồm có 3 Sở giao dịch và 43 chi nhánh ngân hàng nông nghiệp tỉnh, thành phố. Chi nhánh Ngân hàng Nơng nghiệp quận, huyện, thị xã có 475
chi nhánh. Và NHNo&PTNT chi nhánh Ơ Mơn được thành lập từ đây với tên gọi Ngân hàng Nơng nghiệp Huyện Ơ Mơn.
Ngày 15/11/1996, được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền, Thống đốc Ngân hàng
Nhà nước Việt Nam ký Quyết định số 280/QĐ-NHNN đổi tên Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thành Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam. Với tên gọi mới, ngoài chức năng của một ngân hàng thương mại, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn được xác định thêm nhiệm vụ đầu tư phát triển đối với khu vực nông thôn thông qua việc mở rộng đầu tư vốn trung, dài hạn để xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho sản xuất nông, lâm nghiệp, thủy hải sản góp phần thực hiện thành cơng sự nghiệp cơng nghiệp hóa - hiện đại hóa nơng nghiệp nơng thơn.
Tháng 2 năm 1999, Chủ tịch Hội đồng Quản trị ban hành Quyết định số 234/HĐQT-08 về quy định quản lý điều hành hoạt động kinh doanh ngoại hối trong hệ thống Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam. Tập trung thanh toán quốc tế về Sở Giao dịch Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt nam. Tài khoản NOSTRO tập trung về Sở giao dịch. Tất cả các chi nhánh đều nối mạng SWIFT trực tiếp với Sở giao dịch. Các chi nhánh tỉnh thành phố đều được thực hiện các nghiệp vụ kinh doanh đối ngoại.
Năm 2000 cùng với việc mở rộng kinh doanh trên thị trường trong nước, NHNo tích cực mở rộng quan hệ quốc tế và kinh doanh đối ngoại, nhận được sự tài trợ của các tố chức tài chính tín dụng quốc tế như WB, ADB, IFAD, ngân hàng tái thiết Đức… đổi mới công nghệ, đào tạo nhân viên. Tiếp nhận và triển khai có hiệu quả 50 Dự án nước ngoài với tổng số vốn trên 1300 triệu USD chủ yếu đầu tưu vào khu vực kinh tế nơng nghiệp, nơng thơn. Ngồi hệ thống thanh tốn quốc tế qua mang SWIFT, NHNo đã thiết lập được hệ thống thanh toán chuyển tiền điện tử, máy rút tiền tự động ATM trong toàn hệ thống.
Năm 2003, NHNo và PTNTVN đã đẩy nhanh tiến độ thực hiện Đề án Tái cơ
cấu nhằm đưa hoạt động của NHNo&PTNT VN phát triển với quy mô lớn, chất lượng hiệu quả cao. Với những thành tích đặc biệt xuất sắc trong thời kỳ đổi mới, đóng góp
nghiệp Cơng nghiệp hố, hiện đại hố nơng nghiệp - nông thôn, Chủ tịch nước CHXHCNVN đã ký quyết định số 226/2003/QD/CTN ngày 07/05/2003 phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới cho Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam.
Đến cuối năm 2005, vốn tự có của NHNo&PTNT VN đạt 7.702 tỷ VND, tổng
tài sản có trên 190 ngàn tỷ đồng, hơn 2.000 chi nhánh trên toàn quốc và 29.492 cán bộ nhân viên (chiếm 40% tổng số CBCNV toàn hệ thống ngân hàng Việt Nam), ứng dụng công nghệ hiện đại, cung cấp những sản phẩm, dịch vụ ngân hàng hoàn hảo. Đến nay, tổng số Dự án nước ngoài mà NHNo&PTNT VN tiếp nhận và triển khai là 68 dự án với tổng số vốn 2.486 triệu USD, trong đó giải ngân qua NHNo là 1,5 tỷ USD. Hiện nay NHNo&PTNT VN đã có quan hệ đại lý với 932 ngân hàng đại lý tại 112 quốc gia và vùng lãnh thổ, là thành viên của nhiều tổ chức, hiệp hội tín dụng có uy tín lớn.
Đến cuối năm 2007, tổng tài sản đạt 325.802 tỷ đồng tương đương với 20 tỷ
USD gấp gần 220 lần so với ngày đầu thành lập. Tổng dư nợ cho vay nền kinh tế đạt 242.102 tỷ đồng trong đó cho vay nơng nghiệp nơng thơn chiếm trên 70% với trên 10 triệu hộ gia đình, cho vay doanh nghiệp nhỏ và vừa chiếm trên 36% với gần 3 vạn doanh nghiệp dư nợ. Tổng nguồn vốn 295.048 tỷ đồng và gần như hồn tồn là vốn huy động.
Trên nền tảng cơng nghệ thơng tin hiện đại và nhận thức rõ vai trò của các sản phẩm dịch vụ ngồi tín dụng truyền thống, năm 2009 Agribank chú trọng giới thiệu và phát triển các sản phẩm, dịch vụ ngân hàng tiện ích tiên tiến, điển hình là các dịch vụ Mobile Banking như: SMS Banking, VnTopup, ATransfer, Apaybill, VnMart; kết nối thanh toán với Kho bạc, Hải quan trong việc phối hợp thu ngân sách. Đến cuối năm 2009, tổng tài sản của Agribank đạt xấp xỉ 470.000 tỷ đồng, tăng 22% so với năm 2008; tổng nguồn vốn đạt 434.331 tỷ đồng, tổng dư nợ nền kinh tế đạt 354.112 tỷ đồng, trong đó cho vay nơng nghiệp nơng thơn đạt 242.062 tỷ đồng.
Năm 2009, Agribank vinh dự được đón Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh tới thăm
và làm việc vào đúng dịp kỷ niệm 21 năm ngày thành lập (26/3/1988 - 26/3/2009); vinh dự được Đảng, Nhà nước, Chính phủ, ngành ngân hàng, nhiều tổ chức uy tín trên
thế giới trao tặng các bằng khen cùng nhiều phần thưởng cao quý: TOP 10 giải SAO VÀNG ĐẤT VIỆT, TOP 10 Thương hiệu Việt Nam uy tín nhất, danh hiệu “DOANH NGHIỆP PHÁT TRIỂN BỀN VỮNG” do Bộ Công thương công nhận, TOP 10 Doanh nghiệp Việt Nam theo xếp hạng của VNR500.
Năm 2010,Agribank được Chính phủ cấp bổ sung 10.202,11 tỷ đồng nâng tổng vốn điều lệ của Agribank lên 20.810 tỷ đồng, tiếp tục là Định chế tài chính có vốn điều lệ lớn nhất Việt Nam. Năm 2010, Agribank chính thức vươn lên là Ngân hàng số 1 Việt Nam trong lĩnh vực phát triển chủ thẻ với trên 6,38 triệu thẻ. Ngày 28/6/2010, Agribank chính thức khai trương Chi nhánh nước ngoài đầu tiên tại Campuchia.