Kiểu gen Nhóm bệnh (n=220) Nhóm chứng (n=230) n % n % Alen G 440 100 460 100 Alen A 0 0 0 0 GG 220 100 230 100 GA 0 0 0 0 AA 0 0 0 0
3.3. Kết quả phân tích đa hình kiểu gen SNP 309T>G gen MDM2
3.3.1. Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại đoạn gen mang SNP 309T>G của gen MDM2 của gen MDM2
Đoạn gen mang SNP 309T>G gen MDM2 được khuếch đại bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệụ Sản phẩm PCR được điện di kiểm tra trên gel agarose 2%.
Hình 3.14: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR đoạn gen mang SNP 309T>G của gen MDM2
M: Thang chuẩn 100bp; (-): Chứng âm;
Mẫu K45÷K49, C61÷C65: Khuếch đại đoạn gen mang SNP 309T>G của gen MDM2
Nhận xét:
Sản phẩm PCR của đoạn gen chứa SNP 309T>G gen MDM2 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, khơng có các băng phụ, kích thước 157bp so trên thang DNA chuẩn.
3.3.2. Kết quả xác định kiểu gen tại SNP 309T>G gen MDM2 bằng phương pháp PCR-RFLP pháp PCR-RFLP
Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen mang SNP 309 T>G được ủ với enzym cắt giới hạn MspA1i ở điều kiện 37oC trong khoảng thời gian 18-22 giờ. Sản phẩm cắt được điện di cùng với thang chuẩn 100-1000 bp trên gel agarose 3%.
Hình 3.15: Hình ảnh điện di sản phẩm cắt đoạn gen MDM2 mang SNP 309T>G bằng enzym MspA1i trên các mẫu nghiên cứụ
Mẫu K17, C7: Kiểu gen đồng hợp tử T/T. Mẫu K16, K23, C16: Kiểu gen đồng hợp tử G/G. Mẫu K7, K13, C18, C21: Kiểu gen dị hợp tử T/G.
M: Thang chuẩn 100bp; (-): Chứng âm, (-): Chứng dương.
Nhận xét:
Sản phẩm cắt gồm các đoạn DNA có kích thước khác nhau, phù hợp với tính tốn lý thuyết. Mẫu mang kiểu gen T/T gồm 1 băng DNA có kích thước 157bp (mẫu K17, C7). Mẫu mang kiểu gen G/G gồm 2 băng DNA có kích thước 109 bp và 48 bp (mẫu K16, K23, C16 ). Mẫu mang kiểu gen dị hợp tử T/G gồm 3 băng DNA có kích thước 157bp, 109 bp và 48 bp (mẫu K7, K13, C18, C21).
3.3.3. Kết quả kiểm tra kiểu gen tại vị trí SNP 309T>G gen MDM2 bằng phương pháp giải trình tự gen phương pháp giải trình tự gen
Sau khi được khuếch đại, sản phẩm PCR mang SNP 309T>G gen
MDM2 được tinh sạch và tiến hành phản ứng giải trình tự kiểm tra kiểu gen.
Kết quả giải trình tự được phân tích bằng phần mềm CLC Main Workbench sau đó được so sánh với trình tự chuẩn của gen MDM2 trên GeneBank.
Hình 3.16: Kết quả giải trình tự đoạn gen chứa SNP 309T>G gen MDM2 tương ứng kiểu gen T/T, T/G, G/G
Tại vị trí nucleotid thứ 309 intron1 gen MDM2: Kiểu gen T/T có 1 đỉnh nucleotid T duy nhất với màu sắc tương ứng. Kiểu gen T/G: có 2 đỉnh nucleotid T và G với màu sắc tương ứng. Kiểu gen G/G: có 1 đỉnh nucleotid G duy nhất với màu sắc tương ứng.
Nhận xét:
Hình 3.16 cho thấy:
- Sản phẩm giải trình tự rõ nét. Các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và khơng có tín hiệu nhiễụ
- Kết quả giải trình tự DNA của mẫu nghiên cứu cho thấy hoàn toàn phù hợp với kết quả phân tích PCR-RFLP.
3.3.4. Kết quả phân tích kiểu gen SNP 309T>G gen MDM2 ở nhóm nghiên cứu nghiên cứu