Công ty cổ phần dược phẩm Traphaco tiền thân là tổ sản xuất thuốc, thuộc ty y tế đường sắt, thành lập ngày 28/11/1972. Chủ yếu sản xuất một số thuốc pha chế theo đơn để phục vụ cho bệnh viện ngành đưòng sắt trong thcd kỳ kháng chiến chống mỹ cứu nước. Đến năm 1993 chuyển đổi thành “xí nghiệp dược phẩm đường sắt” - Tên giao dịch là Raphaco. Năm 1994 do cơ cấu tổ chức, sở y tế đường sắt được chuyển đổi thành sở y tế GTVT, xí nghiệp dược phẩm đường sắt cũng được đổi tên thành công ty dược và thiết bị vật tư y tế bộ GTVT- Tên giao dịch là Traphaco. Với chức năng sản xuất, mua bán dược phẩm, vật tư, thiết bị y tế. Theo chủ trương chung của chính phủ, công ty đã đổi từ doanh nghiệp nhà nước thành công ty cổ phần với 45% vốn nhà nước và đổi tên thành công ty cổ phần Traphaco vào ngày 5/7/2001.
Công ty đã mở chi nhánh tại thành phố Hồ Chí Minh vào tháng 6 năm 2002 và chi nhánh miền trung tại Đà Nẵng vào tháng 6 năm 2006. Tháng 1 năm 2004 công ty cổ phần Traphaco khánh thành nhà máy sản xuất thuốc tại Hoàng Liệt - Hoàng Mai - Hà Nội. Hiện nay đang hoàn thiện việc xây dựng nhà máy sản xuất thuốc đông dược tại Văn Lâm - Hưng Yên, tiếp tục đầu tư chiều sâu cho sự phát triển bền vững của doanh nghiệp.
Công ty đã có cơ sở vật chất, trang thiết bị kỹ thuật và lực lượng cán bộ công nhân viên đủ tiềm năng để cộng tác, hợp tác vói các tập thể, cá nhân, doanh nhân trong và ngoài nước.