Thực hiện Quyết định số 192/2001/QĐ-TTg ngày 17 tháng 12 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủvà Nghị định số 130/2005/NĐ-CP của Chính phủ, từ năm 2002, thành phốHà Nội đã quyết định thí điểm đối với khốn chi biên chế và kinh phí quản lý hành chính, theo đó thì đối với cấp huyện là 24 triệu/người/năm. Đối với Ủy ban nhân dân cấp huyện, thành phốHà Nội (trước khi hợp nhất) tính khốn chi theo đầu mối là Ủy ban nhân dân cấp huyện, và Ủy ban
nhân dân cấp huyện có trách nhiệm triển khai từng đơn vị, phòng, ban đặc thù, điều kiện riêng của từng quận, huyện. Tỉnh Hà Tây (cũ) tính khốn chi đến các cơ quan quan chuyên môn và tương đương trực thuộc Ủy ban nhân dân quận, huyện, thịxã.
Thực hiện cơ chế tựchủ, tựchịu trách nhiệm vềsửdụng biên chếcác cơ quan hành chính đã sắp xếp tổ chức và biên chế hợp lý, bộ máy quản lý tương đối gọn nhẹ, bước đầu đáp ứng được công việc. Các quận, huyện đã xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ, chủ động đề ra các biện pháp sửdụng tiết kiệm kinh phí trong khi vẫn đáp ứng được nhiệm vụngày càng cao.(Như tiết kiệm trong sửdụng điện thoại, báo chí, văn phịng phẩm, phương tiện vận tải, xăng dầu, sửa chữa ô tô, điện nước, tổ chức hội nghị, quản lý thiết bị và một số chi phí khác). Việc tiết kiệm kinh phí của các quận, huyện chủ yếu do đã thực hiện tốt các biện pháp tiết kiệm kinh phí.
Thực hiện quyền tựchủ, tựchịu trách nhiệm vềthực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộmáy, biên chế và tài chính đối với đơn vịsựnghiệp cơng lập theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 6 năm 2006 của Chính phủ, đến nay, tại tất cảcác quận, huyện trên địa bàn thành phố đã bàn giao quyền tựchủcho các đơn vịsựnghiệp. Đa số các đơn vịsựnghiệp của các quận, huyện được giao quyền tựchủ tài chính đã phát huy được quyền tựchủ, chủ động khai thác các nguồn thu sựnghiệp, mở rộng và đa dạng hóa các loại hình cung ứng dịch vụ, chủ động sửdụng các nguồn kinh phí theo yêu cầu hoạt động của đơn vị, đảm bảo được chi tiêu có hiệu quảvà tiết kiệm trên cơ sởquy chếchi tiêu nội bộ.
Tuy nhiên, việc triển khai thực hiện cơ chếtựchủ tại một số đơn vịsự nghiệp tại các quận, huyện cịn mang tính hình thức. Một số thủ trưởng cơ quan đơn vị sự nghiệp tại cấp huyện còn chưa thực sự được quyền tự chủ, tự quyết trong công tác tuyển dụng viên chức. Quy chế chi tiêu nội bộ còn chưa quy định cụthể, rõ tàng các nội dung chi, mức chi, thiếu các biện pháp quản lý, tăng thu, tiết kiệm chi làm hạn chếtính chủ động và hiệu quả của quy chế chi tiêu nội bộ.
Tại một số quận huyện chưa quan tâm và chỉ tạo trong việc triển khai thực hiện cơ chế tự chủ. Bộ máy tổ chức quản lý và trình độ đội ngũ cán bộ tài chính kếtốn tại một số đơn vị sựnghiệp của cấp huyện trình độ cịn yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu công việc. Bên cạnh đó, cơng tác chỉ đạo, hướng dẫn kiểm tra, đánh giá tình hình thực hiện chưa được tiến hành đồng bộ, thường xuyên. Mặt bằng giao kinh phí tựchủcho một số đơn vịcịn thấp, đặc biệt là đối với các đơn vị tự đảm bảo một phần kinh phí hoạt động, đơn vị ngân sách đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động trên địa bàn các quận huyện mới được hợp nhất. Ngoài ra, một số quy định vềthu và sửdụng các loại phí của Trung ương ban hành đã quá lâu, múc thu thấp không đảm bảo chi phí, lại chậm sửa đổi gây khó khăn trong q trình thực hiện trong điều kiện chi phí nghiệp vụchun môn ngày càng cao.