Quy trình này gồm các giai đoạn sau: (1). Đặt câu hỏi
Hoạt động NCKH thực sự chỉ và luôn bắt đầu bằng việc đặt câu hỏi về một điều gì đó người nghiên cứu quan sát được. Việc đặt câu hỏi nghiên cứu phụ thuộc vào sự am hiểu của người nghiên cứu đến chủ đề quan tâm, vào tư duy phản biện, sự say mê khoa học của người nghiên cứu. Câu hỏi thường xuất hiện trong quá trình học tập, vận dụng kiến thức vào thực tiễn, tham khảo thông tin khoa học từ các nguồn khác nhau, quan sát các hiện tượng trong tự nhiên, xã hội hoặc ở các thí nghiệm. Các dạng câu hỏi: Như thế nào, Cái gì, Khi nào, Ai, Tại sao, Ở đâu...
(2). Nghiên cứu tổng quan
Phương pháp được sử dụng chủ yếu là nghiên cứu tài liệu liên quan. Nội dung này cần tìm hiểu và xem xét các kiến thức cơ bản liên quan đến lĩnh vực nghiên cứu, các cơng trình nghiên cứu thơng qua việc tìm hiểu thơng tin tại thư viện, trên Internet...Qua đó sẽ tránh được những sai lầm và biết được hướng nghiên cứu có cần, có khả thi khơng, xem xét ý nghĩa của câu hỏi nghiên cứu đã đặt ra.
Giả thuyết dược xem như câu trả lời dự kiến cho câu hỏi nghiên cứu. Giả thuyết cần được xây dựng dựa trên những cơ sở lý thuyết và căn cứ khoa học và dễ dàng cho việc đánh giá và kiểm chứng.
(4). Kiểm chứng giả thuyết bằng thực nghiệm
Để kiểm chứng một giả thuyết là đúng hay sai, cần phải sử dụng thực nghiệm. Một thực nghiệm sẽ được thiết kế và thực hiện một cách đúng đắn nhất, cần đảm bảo thực nghiệm được tiến hành với sự thay đổi của một yếu tố trong khi các yếu tố khác được giữ nguyên. Cũng cần tiến hành thực nghiệm một vài lần hoặc theo những cách thức khác nhau để đảm bảo kết quả thu được là ổn định và chính xác nhất (khơng phải là ngẫu nhiên).
(5). Phân tích kết quả và kết luận
Sau khi hồn thành thí nghiệm, các dữ liệu thu được sẽ được phân tích và tổng hợp để khẳng định tính đúng, sai của giả thuyết. Kết quả có thể được phân tích trên cả hai phương diện định tính và định lượng. Giả thuyết có thể sai, khi đó, cần xây dựng giả thuyết mới và tiếp tục kiểm chứng giả thuyết mới bằng thực nghiệm. Ngay cả khi giả thuyết đúng, người nghiên cứu có thể sử dụng cách khác để kiểm chứng lại nhằm tăng độ tin cậy của kết luận.
(6). Báo cáo kết quả
Để kết thúc dự án khoa học, kết quả nghiên cứu cần được trình bày, thảo luận, cơng bố hay tham gia dự thi. Bản báo cáo phải nêu bật được ý nghĩa, tính mới của đề tài cũng như thể hiện được phương pháp nghiên cứu mang tính khoa học, hợp lí, cách phân tích, xử lý số liệu là khoa học để từ đó khẳng định được kết luận rút ra là khách quan, chính xác và tin cậy.