Chống buôn lậu và gian lận thương mại là một trong những nhiệm vụ quan trọng được đặt lên hàng đầu trong việc thực hiện nhiệm vụ chính trị được giao của Nghành Hải quan nói chung và Chi cục nói riêng.
Căn cứ vào kế hoạch, phương án chống buôn lậu và gian lận thương mại đã được xây dựng cho từng năm Chi cục đã triển khai công tác thu thập, xử lý thông tin có hiệu quả; chú trọng đến các khâu nghiệp vụ có nhiều khả năng phát sinh các hoạt động buôn lậu và gian lận thương mại như khâu tiếp nhận hồ sơ, khâu kiểm hóa, giám sát và quy trình thủ tục quản lý rủi ro. Phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chống buôn lậu cấp trên như các Đội của Cục Điều tra chống buôn lậu Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan Thành phố Hà Nội, PC.15 - Công an Thành phố Hà Nội, Quản lý thị trường và các cơ quan chức năng khác đóng trên địa bàn để làm tốt công tác chống buôn lậu và gian lận thương mại. Chính vì vậy mà từ khi thành lập, Chi cục Hải quan Cửa khẩu Sân bay Quốc tế
Nội Bài đã phát hiện và ngăn chặn được nhiều vụ buôn lậu chất ma túy và nhập khẩu văn hóa phẩm phản động.
Kết quả cụ thể của 5 năm gần đây:
- Năm 2005: phát hiện 01 vụ nhập cảnh mang theo 02 sừng Tê giác có trị giá gần 3,2 tỷ đồng Việt Nam.
- Năm 2006: phát hiện 01 vụ nhập cảnh mang theo 01 súng quan dụng và 05 viên đạn (được dấu trong hành lý ký gửi lẫn với các đồ dùng cá nhân) của các đối tượng Chuta Kulabusaya – Quốc tịch Thái Lan.
+ Phát hiện 02 vụ nhập cảnh mang theo tổng số 05 sừng Tê giác có trị giá gần 8,5 tỷ đồng Việt Nam
+ Phát hiện, thu giữ và chuyển Cục Hải quan TP Hà Nội xử lý 01 vụ nhập khẩu 1,48 gram Cocain (được kẹp vào giữa 02 thẻ Creidit Card và gói bằng 1 lớp giấy bạc, ngoài cùng bọc kỹ bang băng dính) qua đường chuyển phát nhanh TNT của đối tượng Ruben Raibal Espinosa – Quốc tịch Tây Ban Nha.
+ Phát hiện 01 vụ vụ nhập cảnh mang theo 6 tỷ đồng Việt Nam không khai báo Hải quan.
+ Phát hiện 01 vụ xuất cảnh mang theo 01 súng bắn đạn hơi cay của đối tượng Nguyễn Văn Hùng – Quốc tịch Việt Nam.
- Năm 2007: Phát hiện thu giữ và chuyển Cục Hải quan TP Hà Nội xử lý 01 vụ xuất cảnh mang theo chất phóng xạ( để trong 01 hộp carton được chèn lót cẩn thận) của đối tượng Nguyễn Thị Ninh Giang – Quốc tịch Việt Nam (tiếp viên của hãng hàng không Việt Nam).