- Thay đổi phương thức quản lý: Mối quan hệ giữa đơn vị sự nghiệp có thu với cơ quan quản lý Nhà nước đã có sự thay đổi theo hướng trao quyền tự chủ về
2.9.4.2. Quản lý của cơ quan chủ quản
- Sở Tài nguyên và Môi trường chưa xây dựng khung chung cho việc đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ và hướng dẫn cách chi trả thu nhập tăng thêm cho viên chức, chưa thống nhất thời điểm chi trả chung cho các đơn vị sự nghiệp trong Sở, dẫn đến có đơn vị chi trả sau khi quyết toán tài chính được cơ quan chủ quản
xét duyệt, có đơn vị tạm chi trước theo quý và cuối năm căn cứ báo cáo quyết toán do đơn vị lập tiếp tục xét chi bổ sung… Vì vậy cơ quan chủ quản đã không nắm bắt được và khó điều hành tài chính các đơn vị sự nghiệp trực thuộc
- Tại Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Đồng Nai có một số nội dung công việc đang chồng chéo giữa các đơn vị sự nghiệp có thu, thể hiện rất rõ ở chức năng nhiệm vụ của 02 đơn vị là: Trung tâm Kỹ thuật Địa chính - Nhà đất và Văn phòng Đăng ký Quyền sử dụng đất tỉnh đều có chức năng đo đạc theo yêu cầu, biên tập bản đồ chuyên đề... và sản phẩm do trung tâm Kỹ thuật Địa chính - Nhà đất thực hiện phải chuyển sang Văn phòng Đăng ký Quyền sử dụng đất kiểm tra cập nhật file trước khi phát hành hồ sơ, từ đây đã tạo ra sự cạnh tranh thiếu công bằng giữa 02 đơn vị sự nghiệp trong cùng ngành và cùng trực thuộc một cơ quan chủ quản là Sở Tài nguyên và Môi trường.
- Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Đồng Nai hàng năm có rất nhiều công việc đột xuất do UBND tỉnh giao để phục vụ công tác quản lý về Tài nguyên và Môi trường, dẫn đến Sở Tài nguyên và Môi trường bắt buộc phải giao các đơn vị sự nghiệp thực hiện phần tác nghiệp chuyên môn. Vậy những quyết định giao nhiệm vụ và bổ sung kinh phí riêng lẻ không nằm trong kế hoạch năm cho các đơn vị sự nghiệp trực thuộc có được gọi là nhiệm vụ đột xuất không? Vì tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP có quy định là không được phép tăng thu nhập và trích quỹ đối với kinh phí thực hiện nhiệm vụ đột xuất của cấp có thẩm quyền giao, nhưng nếu là kinh phí thực hiện các nhiệm vụ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền đặt hàng thì được tăng thu nhập, trích quỹ. Đây cũng là một trong những nội dung làm mất đi tính tự chủ của đơn vị sự nghiệp có thu