Tại các đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường khi thực hiện theo Nghị định số 10/2002/NĐ-CP ngày 16/01/2002 của Chính phủ đã xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ theo hướng dẫn chung của Bộ Tài chính tại thông tư 50/2003/TT-BTC ngày 22/5/2003 hướng dẫn các đơn vị sự nghiệp có thu xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ. Khi chuyển sang thực hiện theo Nghị định 43/CP ngày 25/4/2006 đã chỉnh sửa quy chế đúng hướng dẫn tại thông tư 71/2006/TT- BTC ngày 09/08/2006 của Bộ Tài chính.
Mức chi tiêu được xây dựng dựa trên quy định hiện hành và được cập nhật, bổ sung, điều chỉnh khi quy định tài chính thay đổi cho phù hợp như: năm 2004 đơn vị xây dựng mức chi theo thông tư 118/2004/TT-BTC ngày 8/12/2004; năm 2007 điều chỉnh quy chế theo mức chi tại thông tư 23/2007/TT-BTC ngày 21/03/2007; Năm 2011 điều điều chỉnh theo mức chi tại thông tư 97/2010/TT-BTC ngày 6/7/2010.
Từ khi chuyển sang cơ chế tài chính theo hướng tự chủ, tự chịu trách nhiệm các đơn vị đã xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ theo đúng trình tự hướng dẫn đã giúp việc theo dõi, giám sát chi tiêu, tiết kiệm được những khoản chi phí không cần
thiết, giúp thủ trưởng đơn vị nắm bắt và điều hành hiệu quả hơn về mọi hoạt động cơ quan. Tại quy chế đã thể hiện rất đầy đủ các nội dung chính sau:
+ Tiền lương, tiền công và các khoản phụ cấp (Mục này các đơn vị tại Sở Tài nguyên và Môi trường đã xây dựng riêng thành một quy chế trả lương)
+ Công tác phí + Chi tiêu hội nghị
+ Chi phí sử dụng điện thoại công vụ tại nhà riêng và điện thoại di động + Trang bị, quản lý, sử dụng điện thoại, máy Fax tại cơ quan
+ Về trang bị và quản lý thiệt bị sử dụng điện chiếu sáng cơ quan + Về sử dụng văn phòng phẩm
+ Thanh toán chi phí nghiệp vụ thường xuyên + Hoạt động sản xuất, cung ứng dịch vụ + Thanh lý tài sản
+ Trích lập và sử dụng các quỹ
+ Đối với các khoản chi nhà nước chưa ban hành chế độ chi tiêu