Kiểm toán Nhà nước cần nghiên cứu, xây dựng và ban hành chuẩn mực kiểm toán nội bộ trong các cơ quan, tổ chức Nhà nước. Chuẩn mực kiểm toán nội bộ bao gồm những quy định chung về nguyên tắc, điều kiện và yêu cầu đạo đức nghề nghiệp, năng lực đối với kiểm toán viên nội bộ; quy định về nghiệp vụ kiểm toán và xử lý các mối quan hệ phát sinh trong hoạt động kiểm toán của bộ phận kiểm toán nội bộ, đoàn kiểm toán, kiểm toán viên nội bộ; là
cơ sở để kiểm tra, đánh giá chất lượng kiểm toán và đạo đức nghề nghiệp của kiểm toán viên nội bộ. Những quy định chung về chuẩn mực kiểm toán nội bộ do Kiểm toán Nhà nước ban hành là cơ sở để các cơ quan, tổ chức có những quy định cụ thể hướng dẫn áp dụng chuẩn mực phù hợp với đặc điểm hoạt động của tổ chức mình.
Hệ thống Ngân hàng Nhà nước hoạt động rộng khắp từ trụ sở chính đến 63 Chi nhánh tỉnh, thành phố, các đơn vị trực thuộc, các văn phòng đại diện, vì vậy, trên thực tế Kiểm toán Nhà nước không thể kiểm toán được toàn diện báo cáo tài chính mà phải dựa phần lớn vào kết quả kiểm toán của Kiểm toán nội bộ Ngân hàng Nhà nước. Do đó, Kiểm toán Nhà nước cần tăng cường phối hợp với kiểm toán nội bộ Ngân hàng Nhà nước trong việc chuẩn bị lập kế hoạch kiểm toán hàng năm; chú trọng kiểm tra, đánh giá tình hình công tác kiểm toán nội bộ và đề xuất các biện pháp hoàn thiện, nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của kiểm toán nội bộ Ngân hàng Nhà nước.