Năm 1999 là năm hoạt động trong điều kiện khó khăn bởi đất nớc cha ra khỏi cuộc khủng hoảng kinh tế tìa chính khu vực . Mặt khác là năm đầu tiên thực hiện hai luật thuế mới là thuế GTGTvà thuế TNDN đồng thời chuẩn bị đa luật DN vào áp dụng .
Năm 2000, năm thứ 10 hoạt động của Công ty và là năm mở cửa hội nhập của ngành kiểm toán , đặt ra những thách thức và vận hội mới đối với VACO. Các mục tiêu và phơng hớng đặt ra tập trung vào thực hiện các chỉ tiêu tài chính với mức tăng trởng 120% so với năm 1999 và chiến lợc phát triển mà BGĐ đã
đề ra , theo đó cơng ty tiếp tục mở rộng mạng lới dịch vụ cho các dự án tài trợ của các tổ chức Quốc tế tạo sự quan tâm đến các DNNN vừa và nhỏ ở các địa phơng phù hợp chủ ch- ơng phát triển của Nhà nớc. Đối với các dịch vụ do VACO cung cấp , tăng cờng dịch vụ t vấn thuế và quản lý cho tất cả các loại hình doanh nghiệp; Duy trì đào tạo quốc tế hố nhân viên bằng nhiếu hình thức; Tuyển dụng thêm nhân viên đa tổng số lên 270-280 ngời cho cả ba văn phòng vào cuối năm 2000; Bổ nhiệm thêm cán bộ đáp ứng nhu cầu phát triển của đất nớc để sánh vai cùng các nớc trên thế giới.
Đối với chu trình kiểm tốn mua hàng và thanh tốn VACO đã có hớng phát triển phù hợp với chuẩn mực kiểm toán .
- Về nhân lực : Bồi dỡng nâng cao trình độ của nhân viên về lĩnh vực kế tốn, tài chính, và đặc biệt là kiểm tốn. Với hớng này, hàng năm Cơng ty đã cử 32 lợt nhân viên tham dự các khoá học ngắn hạn, hội thảo chuyên ngành tại các nớc trong và ngoài khu vực. Tại Mỹ, VACO đã đa 5 KTV tham gia khoá học kiểm toán dài hạn và đứng đầu trong các Cơng ty kiểm tốn tại Việt nam. Ngồi ra kết hợp với chun gia DTT, Cơng ty tổ chức các chơng trình đào tạo nghiệp vụ trong nớc nhằm từng bớc quốc tế hố nhân viên. Nhờ có những nỗ lực trong đào tạo, trao đổi kiến thức kinh nghiệm nghề nghiệp của tập thể và cá nhân , VACO có đội ngũ KTV quốc gia đơng đảo nhất ở Việt nam.
- Việc định phí kiểm tốn: Bởi thời gian cho mỗi cuộc kiểm tốn thờng ngắn, vì vậy việc định phí kiểm toán là điều hết sức quan trọng ảnh hởng tới chất lợng cuộc kiểm toán đồng thời sinh lời của Cơng ty. Do đó mà BGĐ cần quan tâm đến cơng việc này sao cho thủ tục cuộc kiểm toán gọn nhẹ, linh hoạt và có hiệu quả
- Ngồi ra VACO cịn có biện pháp nhằm đổi mới cơng tác kiểm tốn theo hớng hiệu quả nh đơn giản hoá thủ tục kiểm toán , bỏ qua các thủ tục rờm rà.