Tồn tại những vướng mắc:
Một là: Những khó khăn, sai sót trong q trình chuẩn bị các chứng từ cần thiết cho một bộ hồ sơ hải quan xuất khẩu, nhập khẩu bằng đường hàng khơng. Việc chuẩn bị vận đơn hàng khơng cịn gây nhiều khó khăn khi doanh nghiệp th Cơng ty Danko làm thủ tục chưa cung cấp đầy đủ thông tin kịp thời dẫn đến chậm chuyến.Thời gian xin giấy chứng nhận, giấy phép nhập khẩu còn lâu, doanh nghiệp cịn bị gây khó dễ đặc biệt gây ảnh hưởng đối với các lô hàng thủy hải sản đông lạnh, hoa quả tươi nhập khẩu. Điều này đã khiến Công ty mất nhiều thời gian, chi phí, cơng sức để hồn thiện, bổ sung đầy đủ chứng từ.
Hai là, việc phối hợp thực hiện thủ tục hải quan với công chức hải quan đôi khi vẫn gặp những trục trặc đáng tiếc, ví dụ: Sai chứng từ dẫn đến bị luân chuyển mức độ kiểm tra, bị cưỡng chế nhầm phải giải trình và chờ sự đồng ý của công chức/ lãnh đạo hải quan... làm mất rất nhiều thời gian, chi phí các loại của Cơng ty. Việc phối hợp với cơ quan chức năng trong việc nhận hàng, lấy hàng tại sân bay còn chưa thuận lợi khiến hàng được thông quan, đủ các điều kiện cần thiết nhưng vẫn chưa thể lấy hàng mà phải gửi vào kho lạnh gây mất rất nhiều chi phí, tổn hại đến uy tín Cơng ty với khách hàng.
Ba là: sự nhầm lẫn trong việc áp dụng quy định mới theo thông tư 38/TT-BTC/2015 trong việc khai báo loại hình, các thơng tin trên tờ khai, kiểm tra chất lượng, kiểm tra trị giá, thủ tục xin đưa hàng về kho tự bảo quản; hầu hết doah nghiệp chưa quen với việc in danh sách hàng hóa để xác nhận
qua khu vực dám sát hoặc in sai danh sách hàng hóa theo mẫu 30/DSHH/GSQL.
Bốn là: Công ty Danko thực hiện khai thuê cho doanh nghiệp chưa đăng ký chữ ký số, chưa là đại lý hải quan mà chỉ là người khai thuê dùng giấy giới thiệu của chủ hàng để làm thủ tục hải quan, không xuất hiện trên bất kỳ chứng từ nào của bộ hồ sơ khai quan vì vậy mà gây nhiều khó khăn khi doanh nghiệp chưa tự chủ được.
Nguyên nhân
Nguyên nhân khách quan:
Việc áp dụng khai hải quan qua hệ thống VNACCS đối với hầu hết các doanh nghiệp, cơng việc mới và khó, tác động nhiều mặt đến phương pháp và thói quen đã hình thành từ lâu, một phần là do công tác lập kế hoạch, cải cách quy trình diễn ra quá cấp bách cộng thêm việc tổ chức triển khai chưa mạnh mẽ, khối lượng cơng việc và những khó khăn mới phát sinh chưa được các bên liên quan lường trước. Nguồn lực triển khai lúc này cịn hạn chế và chưa có đủ kinh nghiệm để bao quát hết tất cả nội dung nghiệp vụ trong quy trình thủ tục hải quan qua VNACCS.
Hai là, lĩnh vực hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bằng đường hàng không rất đa dạng, phong phú, bao gồm rất nhiều nhóm hàng, nhóm mặt hàng khác nhau. Vì vậy, việc xác định rõ và thực hiện đúng quy trình thủ tục hải quan cho từng nhóm hàng, mặt hàng lại càng phức tạp hơn. Tuy nhiên, hệ thống văn bản pháp quy liên quan đến thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu bằng đường hàng khơng cịn thiếu, thiếu đồng bộ, khi áp dụng trong thực tế cịn nhiều vướng mắc. Ví dụ trong việc áp mã hàng hóa;...
Đặc biệt việc áp dụng Luật hải quan 2014, nghị định 08/NĐ-CP/2015 và thông tư 38/TT-BTC/2015 gây nhiều khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp
trong việc tiến hành khai bảo hải quan với việc bãi bỏ nhiều thủ tục, loại hình và các quy định mới
Một bộ phận nhỏ công chức hải quan công làm việc thiếu chuyên nghiệp, chưa thực sự chấp hành tốt pháp luật hải quan, cịn gây khó dễ cho người khai hải quan. Điều này cũng ảnh hưởng không nhỏ đến q trình thực hiện thủ tục hải quan của Cơng ty. Tuy nhiên, cuối cùng, mọi việc đều được giải quyết theo đúng quy trình và pháp luật.
Nguyên nhân chủ quan:
Đội ngũ nhân viên trẻ có nhiều nhiệt huyết nhưng kinh nghiệm thực tế chưa có nhiều. Chưa thực sự linh hoạt trong mọi tình huống.
Quy trình làm việc chưa thực sự chuyên nghiệp, thống nhất giữa các bộ phận, phịng ban trong tồn Cơng ty nói chung và các nhân viên trong cùng một phịng nói riêng. Nhiệm vụ, chức năng dễ bị chồng chéo, khi có vấn đề xảy ra dễ dẫn đến hiện tượng đùn đẩy trách nhiệm.
Công ty chưa xây dựng một đội ngũ nhân viên marketing chuyên nghiệp đi giới thiệu, quảng bá dịch vụ (sale) đến khách hàng.Vì vậy, Cơng ty chưa tận dụng được hết tiềm năng phát triển từ một thị trường rộng lớn như thành phố Hà Nội và Hồ Chí Minh.
Tiềm lực tài chính cịn hạn chế nên Công ty với một số lô hàng quá lớn vẫn khơng thể chủ động được. Do trong qúa trình làm thủ tục hải quan cho lơ hàng có những khoảng chờ cần có kho chun của Cơng ty để bảo quản hàng hóa (đối với hàng hóa xuất nhập khẩu bằng đường hàng khơng thì u cầu này càng cao do đặc thù của mặt hàng này dễ hỏng, giá trị lớn,....)