Cơng ty thực hiện kiểm tốn kết hợp giữa các chu trình và khoản mục như: Tài sản cố định, tiền mặt và tiền gửi ngân hàng, tiền lương, hàng tồn kho, phải trả, phải thu, nợ vay, chi phí hoạt động, giá vốn hàng bán, nguồn vốn…để có thể bao quát được mối quan hệ giữa các khoản mục, giữa các khoản mục trong một chu trình và giữa các chu trình với nhau.
Trong q trình thực hiện kiểm tốn, kiểm tốn viên sử dụng các phương pháp kỹ thuật kiểm tốn thích ứng với từng khoản mục đ1ể thu thập bằng chứng kiểm toán, nhằm đưa ra các ý kiến xác thực về mức độ trung thực và hợp lý của
Báo cáo tài chính. Các thủ tục kiểm toán rất đa dạng và áp dụng một cách linh hoạt nhưng vẫn đảm bảo tính thận trọng thơng qua việc duy trì mức độ hồi nghi nghề nghiệp một cách thích hợp
Trong q trình thực hiện kiểm tốn, trưởng nhóm kiểm tốn phân cơng từng chu trình cho các kiểm toán viên thực hiện. Cuối mỗi buổi, kiểm tốn viên giám sát sẽ sốt xét lại tồn bộ giấy tờ làm việc và hiệu qủa làm việc của mỗi cá nhân. Sau khi thu thập bằng chứng kiểm toán, kiểm tốn viên điều tra ngun nhân các sai sót để đánh giá khơng chỉ về tài khoản mà còn cả về chức năng hoạt động của hệ thống kiểm soát nội bộ, hệ thống thơng tin và có thể cả về năng lực của đội ngũ nhân viên và ban giám đốc xử lý kiểm toán tùy thuộc vào chênh lệch kiểm toán, nguyên nhân, và cả thủ tục tiến hành khi phát hiện sai sót trong q trình kiểm tốn. Nếu có các sai sót trọng yếu, sai phạm cố ý, những điểm yếu quan trọng …thì kiểm tốn viên lập tức báo cáo cho người quản lý, Ban giám đốc hoặc thậm chí là Hội đồng quản trị tùy theo hồn cảnh cụ thể.