Từ cuối những năm 1990, chủng SA 14-14-2 sống giảm độc lực còn được sử dụng để nghiên cứu phát triển vắc xin mới bằng công nghệ DNA tái tổ hợp tạo ra 1 chủng vi rút Chimeric YF-JE bằng cách thay thế các gen prM và E của vi rút sốt vàng YFV 17D với các gen tương ứng của chủng SA 14-14-2 sống giảm độc lực của JEV.
Vắc xin tái tổ hợp sống giảm độc lực sản xuất trên TB Vero (được gọi là ChimeriVax-JE) được đưa ra thị trường với một trong ba tên thương mại IMOJEV, JE-CV và THAIJEV. Nó đã được lưu hành ở 15 nước trên thế giới như: Úc, Hàn Quốc, Hồng Kong, Đài Loan, Philippin, Singapo, Malaysia, Thái Lan, Ấn Độ, Việt Nam… [56, 58].
Vắc xin khơng phát hiện có liên quan đến bất kỳ phản ứng phụ nghiêm trọng nào. Hơn nữa, vi rút ChimeriVax-JE đã bị hạn chế về khả năng nhân lên ở các loài muỗi khác nhau (Culex annulirostris, C.ulentus, C. tritaeniorhynchus, Aedes albopictus, A. aegypti
và A. vigilax) và do đó ít có khả năng truyền bệnh [56, 58]
1.3.4. Chủng Beijing-3
Chủng Beijing-3 (P3) phân lập từ não một bệnh nhân ở Trung Quốc năm 1949. Chủng này được nghiên cứu sản xuất vắc xin VNNB bất hoạt trên tế bào PHK lần đầu tiên được phát triển ở Trung Quốc năm 1968 và dần dần nó đã trở thành vắc xin của quốc gia để kiểm soát bệnh VNNB.
Kể từ khi có vắc xin đến năm 2005, gần 70 triệu liều được sử dụng ở một số nơi tại Trung Quốc do giá thành rẻ [5]. Tuy nhiên, vắc xin này sử dụng dòng tế bào PHK - chưa được chấp thuận của WHO để sản xuất vắc xin phịng bệnh cho người và quy trình sản xuất lại khơng có bước thanh lọc… hiệu quả bảo vệ chỉ < 70% là những lý do chính khiến việc sử dụng vắc xin này chỉ được giới hạn ở Trung Quốc [30].
Để khắc phục điều này, các nỗ lực nghiên cứu chuyển từ sản xuất vắc xin có nguồn gốc từ tế bào PHK sang vắc xin có nguồn gốc từ tế bào thận khỉ châu Phi (Vero) vì dịng tế bào này được coi là an tồn cho người và được cấp phép sản xuất vắc xin và sinh phẩm cho người[8]. Những năm cuối thập kỷ 90 của thế kỷ trước tế bào Vero đã được thương mại hóa, nhiều nhà sản xuất trên thế giới đã nghiên cứu về vắc xin trên tế bào Vero như Aventis (Pháp), Biken (Nhật), Viện vắc xin và huyết thanh Bắc Kinh (Trung Quốc), Intercell (Áo) và Học viện nghiên cứu Y học quân sự Mỹ… đã nghiên cứu vắc xin VNNB bất hoạt, tinh khiết và bước đầu đánh giá về tỷ lệ bảo vệ trên thực địa cao >80%[6].
Năm 1998, vắc xin bất hoạt sản xuất trên TB Vero, sử dụng chủng Beijing-3 đã được cấp phép ở Trung Quốc. Tuy vậy hiệu quả bảo vệ cũng chưa cao và sau rất nhiều năm nghiên cứu, cải tiến công nghệ tinh chế (cô đặc qua màng pellicon cassette; tủa bằng protamin sulfate rồi siêu ly tâm trong sucrose tốc độ cao… hoặc bổ sung tá chất nhôm…), vắc xin này cũng đã đạt hiệu quả bảo vệ >85%. Vắc xin tương tự dựa trên chủng Beijing-1 được cấp phép ở Nhật Bản và có tên thương mại: JEBIK V (được phê chuẩn trong năm 2009) và ENCEVAC (còn được gọi là KD-287 hoặc JEIMMUGEN IN) - được phê chuẩn vào năm 2011. Hiện tại vắc xin VNNB bất hoạt trên tế bào Vero của Biken (Nhật Bản) đã có mặt trên thị trường quốc tế [30].
Ngoài các chủng phổ biến trên, chủng 821564-XY của vi rút VNNB (thuộc genotype III) được phân lập trên người tại Kolar, KRNAataka, Ấn Độ năm 1981 cũng được nghiên cứu sản xuất vắc xin VNNB bất hoạt trên tế bào Vero vào năm 2013 với tên thương mại là JENVAC. Vắc xin đã công bố trên 95% chuyển đổi huyết thanh sau 28 ngày tiêm chủng liều 2.