Habubank hiện có mô hình tổ chức báo cáo ít tầng nhằm giảm thiểu tính quan liêu trong hệ thống cũng như nâng cao tính năng động của tổ chức. Ðặc điểm nổi bật của mô hình Habubank là tập trung vào khách hàng, đội ngũ nhân viên chuyên nghiệp và quản lý rủi ro hiệu quả. Rủi ro là một phần gắn liền với mọi hoạt động kinh doanh ngân hàng. Kiểm tra và quản lý rủi ro sao cho cân bằng được mối quan hệ rủi ro - lợi nhuận trước hết đòi hỏi một cơ cấu tổ chức phù hợp và chính sách nhất quán trong toàn hệ thống. Do đó, cơ cấu Habubank hoàn toàn được tổ chức theo chiến lược phát triển do Hội đồng Quản trị đề ra và liên quan chặt chẽ đến quản lý rủi ro. Đồng thời tính linh hoạt và giảm thiểu quan liêu cũng luôn được đề cao giúp Ngân hàng dễ thích ứng và thay đổi khi môi trường kinh doanh biến chuyển. Hiện nay Ngân hàng HABUBANK cũng như các ngân hàng khác có cơ cấu Hội đồng quản trị, ban Giám đốc, ban Kiểm soát theo quy định của Luật doanh nghiệp đối với loại
hình Công ty cổ phần và chức năng cụ thể của từng bộ phận do đặc thù của ngành còn tuân thủ theo quy định riêng của Pháp luật đối với các tổ chức tín dụng. Đứng đầu ngân hàng là Đại hội cổ đông, Đại hội cổ đông lập ra Hội đồng quản trị và Ban Giám đốc điều hành mọi hoạt động của ngân hàng, tiếp theo là các phòng ban chức năng, các khối có trách nhiệm giúp đỡ Ban lãnh đạo trong toàn bộ quá trình sản xuất, kinh doanh của ngân hàng.
Hiện tại, Habubank có 1 Hội sở chính, 1 Sở giao dịch và 66 chi nhánh, phòng giao dịch với sản phẩm kinh doanh đa dạng gồm dịch vụ ngân hàng doanh nghiệp (tài trợ thương mại quốc tế, ngoại hối, quản lý tiền mặt…), dịch vụ ngân hàng cá nhân (huy động, cho vay tiêu dùng, mua nhà…) và các hoạt động đầu tư khác trên thị trường chứng khoán.