Các tiêu chuẩn môi ngày càng trở nên quan trọng và có tính bắt buộc đối với một số thị trường. Để có thể đáp ứng được các yêu cầu khắt khe về bảo vệ môi trường và nguồn lợi của Mỹ, Việt Nam đã tiến hành nhiều biện pháp:
Bộ Thủy sản đã ban hành hai quy chế là Bảo vệ môi trường trong công nghiệp chế biến thủy sản và Quy chế bảo vệ môi trường vùng nuôi tôm tập trung. Điều này đã thúc đẩy các cơ sở muốn xuất khẩu phải tuân thủ một số điều kiện nhất định về quản lí chất thải, do đó giảm dần tính trạng ơ nhiễm mơi trường. Ngồi ra , BộThủy sản cịn hình thành 4 trung tâm Quan trắc cảnh báo môi trường và phòng bệnh trải dài khắp cả nước nhằm hỗ trợ kĩ thuật trong quản lý mơi trường và phịng ngừa dịch bệnh cho các khu vực nuôi trồng thủy sản tập trung ở 27 tỉnh thành.
Ngành cũng đang thực hiện việc áp dụng thử nghiệm kiểm soát môi trường tại vùng sản xuất ngun liệu, kiểm sốt từ khâu ni trồng đến chế biến. Chương trình kiểm sốt dư lượng trong thủy sản ni và Chương trình giám sát vệ sinh an toàn thực phẩm vùng thu hoạch nhuyễn thể 2 mảnh vỏ được áp dụng thử nghiệm ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long. Việt Nam đã ban hành Quy chế quản lý vùng và cơ sở ni tơm an tồn vào ngày 10/4/2006 khiến Việt Nam trở thành những quốc gia đầu tiên áp dụng thực hành nuôi tơm tốt và quy tắc ứng xử nghề cá có trách nhiệm.
Hiện nay, tình trạng khai thác quá mức nguồn lợi nước ngọt và ô nhiễm môi trường đang gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường sinh sống của các loại thủy sản, gây nguy cơ tuyệt chủng cho nhiều loài cá nước ngọt…vỡ vậy ngành thủy sản đang tiến hành lựa chọn lưu giữ một số lồi cá q hiếm có giá trị kinh tế cao như cá Lăng, cá Chiên, cá Anh Vũ…Ngành thủy sản cũng tiến hành lưu giữ gen qúy của nhiều đối tượng nước ngọt và nước lợ dưới dạng bảo quản tinh và ni nhốt ở cả 3 miền gồm 23 lồi nước ngọt và 9 lồi nước lợ.
Thủ tướng chính phủ đã ban hành chỉ thị 01/1998/CT-TTg nghiêm cấm sử dụng chất nổ, xung điện, chất độc để khai thác thủy sản. Ngồi ra, chính phủ cũng yêu cầu thực hiện tuyên truyền trờn cỏc phương tiện thông tin đại chúng, xử lý nghiêm vụ vi phạm.
Bên cạnh những biện pháp tích cực thì Việt Nam vẫn còn rất nhiều hạn chế trong hoạt động thực hiện các biện pháp bảo vệ mơi trường. Tính đến hết năm 2009, sau 10 năm triển khai áp dụng tiêu chuẩn ISO 14001 tại Việt Nam, chỉ có 450 chứng chỉ được cấp, trong đó số doanh nghiệp thủy sản nhận được chứng nhận này là 31. Theo nhận xét của các chuyên gia môi trường, các doanh nghiệp thủy sản Việt Nam vẫn chưa thực sự quan tâm đến vấn đề bảo vệ môi trường. Tiêu chuẩn ISO 14001 được ban hành lần đầu tiên tại Việt Nam vào năm 2000, lúc đầu chỉ được các doanh nghiệp nước ngoài hoặc liên doanh áp dụng, gần đây cũng có một số doanh nghiệp Việt Nam áp dụng nhưng vẫn cịn ít so với số lượng hơn 6000 doanh nghiệp được chứng nhận hệ thống quản lý chất lượng ISO 9001.. Hiện nay, hiệu quả thực thi yêu cầu pháp luật trong công tác bảo vệ môi trường chưa cao nên các doanh nghiệp đầu tư nhiều vào công tác bảo vệ môi trường chưa thu được hiệu quả như mong đợi. Chính vì vậy, các doanh nghiệp thủy sản chỉ áp dụng các tiêu chuẩn ISO 14001 khi có yêu cầu của khách hàng để kí kết hợp đồng.
Ngồi ra, định hướng phát triển chưa rõ ràng gây ảnh hưởng khiến cho chính sách mơi trường trở nên mờ nhạt, do đó phải nâng cao vai trị quản lý của Nhà nước đối với ngành thủy sản.