Nâng cao chất lượng hoạt động nghiệp vụ của KBNN thể hiện ở các tiêu chí giải ngân nhanh, kịp thời, không để tồn đọng hồ sơ, đúng chế độ, bảo đảm liên hoàn và thuận tiện ở cả ba khâu: tiếp nhận hồ sơ, kiểm soát chi đúng chế độ và thanh toán, chuyển tiền nhanh, an toàn cho đơn vị thụ hưởng. Các biện pháp cụ thể là phải hoàn thiện quy trình nghiệp vụ khoa học, minh bạch và công khai như đã nêu ở trên. Xác định trách nhiệm rõ rang trong nhận thức của cán bộ và đơn vị trong kiểm soát và luân chuyển chứng từ. Đối với thanh toán chuyển tiền cần nâng cao chất lượng chương trình thanh toán điện tử, áp dụng công gnhệ thông tin để rút ngắn thời gian hạch toán và chuyển tiền.
Nâng cao chất lượng cán bộ để đảm bảo kiểm soát thanh toán chính xác, an toàn, tiết kiệm chi cho NSNN. Xử lý những tồn đọng khách quan như tính thời vụ trong thanh toán vốn đầu tư hang năm. Xử lý nhanh và chính xác trong báo cáo, hạhc toán kế toán, thông tin điều hành ngân sách bằng các biện pháp tổng hợp như chấm điểm nghiệp vụ hang tháng A, B, C (gắn với thi đua và khuyến khích vật chất
thu nhập); xây dựng phong trào thi đua gắn với chất lượng chuyên môn với công tác đoàn thể; tổ chức thi đua nghiệp vụ hàng năm sau mỗi kỳ tập huấn; tổ chức viết báo cáo sang kiến kinh nghiệm và báo cáo chuyên đề công tác hàng năm. Xây dựng các chương trình nghiệp vụ có gắn với đầu tư về kinh phí, cơ sở vật chất (nhất là hiện đại hoá công nghệ thông tin), tổ chức về con người hợp lý. Sử dụng cán bộ trẻ và có năng lực trình độ cho những vị trí điều hành quản lý nghiệp vụ.
Để làm đuợc điều đó KBNN cần thực hiện các biện pháp như sau:
-Thường xuyên mở các lớp đào tạo ngắn hạn, đào tạo chuyên ngành, tập huấn nghiệp vụ, bồi dưỡng cập nhật kiến thức mới, gắn các nội dung đào tạo với yêu cầu về nguồn nhân lực trên thực tế của lĩnh vực công, trang bị cho cán bộ các kiến thức về pháp luật, kinh tế…Đặc biệt chú trọng đào tạo cán bộ tham gia trực tiếp quy trình quản lý, kiểm soát chi NSNN qua KBNN.
-Thực hiện chế độ thi đua khen thưởng nghiêm minh, tăng cường động viên, khuyến khích cán bộ tâm huyết với công việc và hoạt động có hiệu quả. Thực hiện thi tuyển công chức; thực hiện tốt cơ chế luân chuyển, điều động cán bộ trẻ.
- Xây dựng chế độ lương và chính sách thu thập hợp lý để thu hút cán bộ trẻ, có trình độ và năng lực cũng như lưu giữ cán bộ có tài, tránh tình trạng chảy máu chất xám.
Tại từng đơn vị KBNN, thường xuyên tổ chức học tập, thảo luận các chế độ mới nhằm nâng cao trình độ nghiệp vụ cho cán bộ, nâng cao trách nhiệm đạo đức, nghề nghiệp cho cán bộ công chức. Về nghiệp vụ tập trung đi sâu hướng dẫn phương pháp kiểm soát, nội dung kiểm soát và các vấn đề liên quan đến khía cạnh kinh tế đầu tư. Về trách nhiệm, tập trung quán triệt và kiên quyết chống các hiện tượng sách nhiễu, gây phiền hà đối với khách hàng giao dịch, nâng cao đạo đức nghề nghiệp của cán bộ KBNN nhằm mục đích kiểm soát chi chặt chẽ, đúng chính sách, chế độ phục vụ kịp thời nhu cầu chi tiêu của các đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, giảm thất thoát, tiêu cực trong sử dụng ngân sách.
Định kỳ hoặc theo tiến trình sửa đổi các quy định của Nhà nước về quản lý đầu tư và xây dựng tập hợp các văn bản chế độ về quản lý đầu tư, kiểm soát chi vốn
đầu tư, in thành các cuốn sách để dễ tra cứu, sử dụng, thường xuyên tổ chức tập huấn về nghiệp vụ cho các cán bộ làm công tác kiểm soát chi đầu tư nhằm cập nhật kiến thức mới cũng như trao đổi kinh nghiệm và tháo gỡ khó khăn trong quá kiểm soát chi đầu tư.