Trong cuộc kiểm toán BCTC trong điều kiện ứng dụng công nghệ thông tin như hiện nay, hầu hết các cơng ty kiểm tốn thực hiện chọn mẫu theo chương trình kiểm tốn đã được xây dựng sẵn và lựa chọn tuỳ thuộc từng cuộc kiểm toán. Ngồi việc kiểm tốn trên cơ sở mẫu chọn, các cơng ty kiểm tốn cịn tập trung vào kiểm tốn những nghiệp vụ có số tiền lớn, những nghiệp vụ phát sinh vào đầu và cuối niên độ, những nghiệp vụ mà KTV nghi ngờ hoặc có q trình kiểm sốt yếu kém...
Tại các cơng ty kiểm tốn lớn, đặc biệt là các công ty kiểm tốn nước ngồi thì việc chọn mẫu đối với các khoản mục trên BCTC được trợ giúp bởi các phần mềm chọn mẫu như Deloitte với phương pháp CMA hoặc TS, KPMG với phần mềm MUS… Áp dụng các phần mềm chọn mẫu vào thực tế sẽ cho được các mẫu khách quan, và cách làm thống nhất trong một cơng ty kiểm tốn song cũng bị hạn chế trong việc phát hiện các nghiệp vụ bất thường nên những nghiệp vụ có chứa rủi ro có khả năng bị bỏ qua. Tại các công ty chưa áp dụng các phần mềm chọn mẫu thì việc xác định mẫu chọn chủ yếu dựa vào kinh nghiệm của KTV và thời gian kiểm tốn cho phép. Điều đó dẫn đến hạn chế tính khách quan trong chọn mẫu, có thể dẫn đến rủi ro cao.
Viện Quản trị số - Tiên phong, sáng tạo, hội nhập vì sự phát triển của doanh nghiệp trong thời đại số 78 Trên đây đã trình bày khái quát về thực trạng quy trình và phương pháp kiểm tốn BCTC nói chung, có liên hệ đến thực trạng qui trình và phương pháp kiểm tốn BCTC trong điều kiện ứng dụng cơng nghệ thơng tin. Có thể nói mức độ ứng dụng cơng nghệ thơng tin rất khác nhau giữa các cơng ty kiểm tốn. Có thể minh họa ví dụ khái qt về việc ứng dụng cơng nghệ thông tin trong các bước cơng việc của cuộc kiểm tốn BCTC ở một số cơng ty kiểm tốn độc lập ở Việt Nam hiện nay qua các bản mô tả khái quát tại phụ lục 2.5 (Phụ lục 2.5. Mô tả khái quát quy trình kiểm tốn BCTC trong điều kiện ứng dụng công nghệ thông tin của một số cơng ty kiểm tốn) và tóm tắt ở phụ lục 2.6. (Phụ lục 2.6 Tóm tắt quy trình kiểm tốn BCTC trong điều kiện ứng dụng công nghệ thông tin ở 1 số cơng ty kiểm tốn độc lập ở Việt Nam hiện nay).