Một hệ thống kiểm soát nội bộ hữu hiệu chỉ có thể hạn chế tối đa các sai phạm chứ không thể đảm bảo rủi ro, gian lận và sai sót khơng xảy ra.
Những hạn chế vốn có của kiểm sốt nội bộ bao gồm:
KSBN khó ngăn cản được gian lận và sai sót của người quản lý cấp
cao. Các thủ tục kiểm soát là do người quản lý đặt ra, nó chỉ kiểm tra việc gian lận và sai sót của nhân viên. Khi người quản lý cấp cao cố tình gian lận, họ có thể tìm cách bỏ qua các thủ tục kiểm sốt cần thiết.
Bất kì một hoạt động kiểm sốt trực tiếp nào của kiểm soát nội bộ cũng phụ thuộc vào yếu tố con người. Con người là nhân tố gây ra sai sót từ những hạn chế xuất phát từ bản thân như: vô ý, bất cẩn, sao lãng, đánh giá hay ước lượng sai, hiểu sai chỉ dẫn của cấp trên hoặc các báo cáo của cấp dưới.
Gian lận cũng có thể xảy ra do sự thơng đồng giữa các nhân viên trong tổ chức với nhau hoặc với bên ngoài.
Nhà quản lý lạm quyền: Nhà quản lý bỏ qua các quy định kiểm soát trong quá trình thực hiện nghiệp vụ có thể dẫn đến việc khơng kiểm sốt được các rủi ro và làm cho mơi trường kiểm sốt trở nên yếu kém.
Hoạt động kiểm soát chỉ tập trung vào các sai phạm dự kiến, do đó khi xảy ra các sai phạm bất thường thì thủ tục kiểm sốt trở nên kém hữu hiệu thậm chí vơ hiệu.
Chi phí thực hiện hoạt động kiểm soát phải nhỏ hơn giá trị thiệt hại ước tính do sai sót hay gian lận gây ra.
Những thay đổi của tổ chức, thay đổi quan điểm quản lý và điều kiện hoạt động có thể dẫn đến những thủ tục kiểm sốt khơng còn phù hợp.
Tóm lại, kiểm sốt nội bộ cung cấp một sự đảm bảo hợp lý chứ không phải bảo đảm tuyệt đối các mục tiêu được thực hiện. Kiểm soát nội bộ chỉ có thể ngăn ngừa và phát hiện những sai sót, gian lận nhưng khơng thể đảm bảo
là chúng khơng xảy ra. Chính vì vậy, một hệ thống kiểm soát nội bộ hữu hiệu
đến đâu cũng đều tồn tại những rủi ro nhất định. Vấn đề là người quản lý đã
nhận biết, đánh giá và giới hạn chúng trong mức độ chấp nhận được.