Việc cấp giấy chứng nhận BHTG và thu phí BHTG nên phân quyền cho từng Chi nhánh thực hiện trong địa bàn mình quản lý. Điều này sẽ tạo sự linh động và nhanh chóng trong nghiệp vụ này.
Đối với việc thu phí BHTG, mặc dù trong Luật BHTG 2013 có quy định mức phí bảo hiểm tiền gửi theo mức độ rủi ro, mỗi một tổ chức tham gia BHTG sẽ có một mức phí riêng trên cơ sở kết quả đánh giá và phân loại các tổ chức này. Tuy nhiên cũng cần phải có một quy định cụ thể về việc cơ sở và phương pháp đánh giá mức độ rủi ro của từng tổ chức tham gia BHTG. Thực tế cho thấy việc triển khai hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro là một nghiệp vụ phức tạp và không đơn giản ngay cả đối với những quốc gia phát triển ở trình độ cao. Rất khó tìm ra các phương pháp phù hợp để có thể chấp nhận được để phân biệt rủi ro, thu thập các thông tin kịp thời, nhất quán, đáng tin cậy và đảm bảo rằng các tiêu chuẩn đánh giá xếp hạng là minh bạch rõ ràng. Hơn nữa cũng cần phải có các nguồn lực để quản lý hệ thống thu phí phân biệt một cách phù hợp và hiệu quả. Muốn xây dựng một quy trình tính phí hiệu quả và công bằng đối với các tổ chức tham gia BHTG đòi hỏi cần phải đánh giá chính xác hoạt động của từng tổ chức tham gia BHTG, DIV có thể đề ra những tiêu chuẩn đánh giá như tiêu chuẩn định lượng như tiêu chuẩn về định lượng vốn, tiêu chuẩn về lợi nhuận, tiêu chuẩn về hiệu suất hoạt động, chất lượng tài sản, tỷ lệ nợ xấu, tăng trưởng tài sản,…và mỗi tiêu chuẩn DIV có thể đưa ra những mức chấm điểm riêng, từ đó đánh giá các tổ chức tham gia BHTG, với mỗi một tổ chức sẽ có những mức điểm tổng khác nhau vì mức độ rủi ro khác nhau, và sẽ có một hệ thống mức phí tương ứng xét trên những khoảng điểm đánh giá đó. Như vậy để thực hiện được đề án này căn bản đầu tiên là có một Ủy ban giám sát tài chính quốc gia hoạt động hiệu quả cao, và một DIV với nguồn nhân lực tri thức chuyên môn sâu và tâm huyết với nghề.