Ở Việt Nam, lần đầu tiên phương pháp phân loại chất lượng nước theo các
thông số chọn lọc đã được Lê Trình đề xuất trong đề tài "Nghiên cứu xây dựng tập
atlas môi trường TP.Hồ Chí Minh" (1990 - 1991). Phương pháp phân loại chất
lượng nước này đã được tác giả cải tiến và áp dụng cho toàn lưu vực Đồng Nai - Sài Gòn (1996, 1998, 2004) trong nhiều đề tài cấp Nhà nước. Tập atlas về phân vùng chất lượng nước khái quát cho lưu vực Đồng Nai - Sài Gòn cũng đã được xây dựng (1998), theo đó chất lượng nước trong toàn lưu vực được chia thành 5 loại. Phân bố các loại nước đã được thực hiện trên bản đồ. Tuy nhiên, do số điểm quan trắc mỏng, tần suất thấp nên việc phân vùng chất lượng nước toàn lưu vực còn sơ lược, hệ thống phân loại chất lượng nước còn sơ lược.
Gần đây trong đề tài "Nghiên cứu đánh giá chất lượng nước mặt trên cơ sở
chỉ số chất lượng nước ở một số vùng tỉnh Quảng Trị”, Nguyễn Xuân Hợp đã đề
xuất một số hệ thống WQI và thực hiện phân loại, phân vùng chất lượng nước cho các sông ở tỉnh Quảng Trị (2005). Phân loại, phân vùng chất lượng nước về mặt
thủy sinh (phiêu sinh động vật đáy) đã được Nguyễn Văn Tuyên, Phạm Văn Miên thực hiện ở TP.Hồ Chí Minh từ 1990 – 2004. Bản đồ phân vùng chất lượng nước (sơ bộ) về thủy sinh đã được các tác giả xây dựng.
Ở khu vực phía Bắc, nhiều tác giả đã nghiên cứu chỉ thị sinh học về chất lượng nước (Mai Đình Yên, Nguyễn Ngọc Thanh, Nguyễn Xuân Dục). Tuy nhiên, việc thiết lập WQI và phân vùng chất lượng cho một khu vực, một dòng sông chưa được công bố.
Việc gia tăng liên tục các nguồn ô nhiễm do tăng nhanh quá trình công nghiệp hoá, đô thị hoá và thay đổi chế độ thủy văn nên chất lượng nước của một dòng sông thường thay đổi theo vị trí các điểm quan trắc, theo các thời điểm trong năm và giữa các năm (thậm chí giữa các ngày). Do đó, bản đồ phân vùng chất lượng nước phục vụ cho các mục đích sử dụng cần được cập nhật theo thời gian. Tuy nhiên, khi đã có khóa phân loại theo WQI và số liệu quan trắc việc cập nhật việc phân loại và phân vùng chất lượng nước với sự hỗ trợ của phần mềm máy tính sẽ được thực hiện dễ dàng hơn so với trước đây.
Ngày 7.1.2011 tổng cục môi trường,bộ tài nguyên môi trường đã ra quyết định về việc ban hành sổ tay hướng dẫn tính toán chỉ số chất lượng nước bằng phương pháp này .