Kỹ thuật MSP rất nhạy để sàng lọc các gen bị methyl hóa với khả năng phát hiện 1 allen bị methyl hóa trong 1000 allen khơng bị methyl hóa [28]. Kỹ thuật này áp dụng đƣợc trên các mẫu DNA bị giới hạn về số lƣợng và chất lƣợng ví dụ nhƣ DNA từ mẫu đúc [28, 55]. Ngoài ra, kỹ thuật MSP không yêu cầu thiết bị đặc biệt, dễ sử dụng, có thể áp dụng ở bất kỳ phịng thí nghiệm nào và đƣợc dùng rộng rãi cho việc phân tích sự methyl hóa DNA tại nhiều vùng đặc hiệu [34]. Hiện nay, một số hãng cung cấp các dung dịch cho phản ứng MSP nhƣ EpiTect MSP kit (Qiagen), CpG® Wizard BRCA1 Methylation (Millipore)…
Nhƣợc điểm của kỹ thuật MSP là có thể cho kết quả dƣơng tính giả đặc biệt khi số chu kì PCR lớn. Nguyên nhân có thể là do hiện tƣợng mồi bắt cặp sai và xử lý sodium bisulfite khơng hồn tồn [34]. Hiện tƣợng mồi bắt cặp sai có thể đƣợc ngăn chặn bằng cách giới hạn số chu kì và/hoặc sử dụng nhiệt độ gắn mồi cao. Vì trong trình tự mồi MSP có chứa nhiều CpG nên nếu quá trình xử lý sodium bisulfite xảy ra khơng hồn tồn thì các phân tử DNA thu đƣợc có thể giống các trình tự bị methyl hóa. Mặc dù mồi MSP chứa nhiều CpG trong trình tự mồi sẽ làm cho mồi có tính đặc hiệu cao với khn bị methyl hóa nhƣng chính nó cũng tạo thuận lợi cho sự khuếch đại các trình tự bị biến đổi khơng hồn tồn trong khuôn DNA bị xử lý [34]. Bên cạnh đó, MSP không phải là kỹ thuật định lƣợng [55]. Nhiều cải biến MSP sử dụng real-time PCR để phát hiện các gen bị methyl hóa và định lƣợng đƣợc phát triển nhƣ MethyLight (Hình 1.6), MSP định lƣợng dựa trên SYBR Green… [13, 55].