Xanh lam: các chủng thu thập từ miền núi phía Bắc, Xanh lá cây: các chủng thu thập từ miền Trung, Đỏ: các chủng thu
Nhóm II Nhóm III
Bên cạnh đó, dựa vào cây phân loại cũng ghi nhận thấy nhiều chủng phân lập khác nhau nhưng có cùng phân đoạn di truyền (cùng nền di truyền), tương tự như quan sát sơ bộ ở kết quả giải trình tự. Các chủng phân lập tương tự nhau về mặt di truyền đều có nguồn gốc thu thập ở khu vực miền núi phía Bắc và ĐBSH. Cụ thể, nhóm 4 chủng giống nhau gồm I1, I33, I49, và I80 thu thập ở miền núi phía Bắc, cịn I76 được thu thập ở ĐBSH. Cũng tương tự, trong nhóm 11 chủng giống nhau có I8, I9, I10, I44 thu được từ miền núi phía Bắc, các chủng I63, I64, I67, I71, I72, I77, I78 thu tại ĐBSH. Nhóm giống nhau thứ ba gồm 6 chủng là I66, I68, I69, I73, I74, I79 đều được thu thập tại ĐBSH. Điều đó cho thấy có sự phát sinh chủng di truyền chung ở khu vực miền núi phía Bắc và ĐHSH, hay gọi chung là khu vực miền Bắc, tuy nhiên khơng có sự xuất hiện của chủng di truyền chung giữa khu vực miền Bắc và miền Trung.
Nấm M. oryzae thích hợp phát triển trong điều kiện độ ẩm cao, nhiệt độ ơn hịa (khoảng 25oC), cho nên bệnh gây hại mạnh nhất trong vụ lúa Đông xuân [8]. Ở nước ta, lúa được trồng ở hầu hết các vùng sinh thái nhưng hai vùng sản xuất quan trọng nhất là đồng bằng sơng Hồng ở phía Bắc và đồng bằng sơng Cửu Long ở phía Nam. Đây là hai hệ sinh thái với những điều kiện đặc thù cho việc trồng lúa. Chiếm ưu thế ở hai hệ sinh thái này là các giống lúa thương phẩm có năng suất cao, cịn các giống lúa truyền thống được trồng với diện tích rất nhỏ để phục vụ cho nhu cầu gia đình, đặc biệt là các giống lúa nếp (ví dụ: Tám xoan, Nếp thơm Hưng Yên, Nếp cái hoa vàng…).Ngược lại, ở vùng trung du miền núi phía Bắc trồng nhiều giống lúa địa phương và vẫn duy trì thói quen canh tác truyền thống. Khu vực từ miền Bắc đến miền Trung được xác định có các điều kiện canh tác khác nhau (khí hậu, địa hình, cơ cấu giống...), nhưng tính đa dạng của quần thể nấm đạo ôn hại lúa M. oryzae tại đây chưa được quan tâm nghiên cứu.
Do khả năng kháng/nhiễm của một giống lúa liên quan chặt chẽ đến sự tương tác đặc thù nhất định giữa giống lúa và các chủng đạo ơn. Chính vì vậy, nghiên cứu di truyền quần thể và tính đa dạng của cả cây ký chủ và tác nhân gây bệnh ở các khu vực địa lý khác nhau, là cơ sở khoa học quan trọng trong định hướng chọn tạo giống
lúa kháng bệnh bền vững ở Việt Nam.Tiến hành phân tích mối liên hệ giữa các giống lúa ký chủ và sự xâm nhiễm của các chủng nấm đạo ôn, kết quả được biểu diễn ở Hình 3.7.
Kết quả cho thấy các chủng gây bệnh trên các giống lúa địa phương khơng có sự tách biệt di truyền với các chủng gây bệnh trên giống lúa thương mại. Điều này cho thấy hệ thống canh tác (thâm canh và truyền thống) có thể khơng tác động đến sự tiến hóa của quần thể nấm M. oryzae.
Trong số các giống lúa thương mại phổ biến hiện nay, Khang dân và BC15 được đánh giá là hai giống lúa điển hình mẫn cảm với bệnh đạo ôn. Tổng hợp kết quả từ Bảng 3.2 và Hình 3.7 ta thấy: giống Khang dân bị xâm nhiễm bởi các chủng I8, I9, I10, I42, I44, I68, I79, I81, I85, I91, I96 thu thập được ở cả ba vùng sinh thái. Giống lúa BC15 bị xâm nhiễm bởi các chủng I66, I67, I69, I70, I76, I77, I78 được thu thập tại các tỉnh vùng ĐBSH. Điều đó chứng tỏ, một giống có thể bị xâm nhiễm bởi các chủng nấm đạo ôn ở các nhóm di truyền khác nhau. Như vậy, các chủng nấm đạo ơn, các nhóm di truyền khơng đặc thù riêng cho từng vùng sinh thái, từng giống lúa mà có thể tấn cơng các giống ở các vùng sinh thái khác nhau.