Đối tƣợng nghiên cứu

Chƣơng 2 ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 ĐỐI TƢỢNG

2.1.1. Đối tƣợng nghiên cứu

Mẫu nghiên cứu là mơ vú tại vị trí khối u và mơ vú lân c ận ở rìa vị trí u của bệnh nhân ung thƣ vú. Mẫu mơ vú sử dụng trong nghiên cứu này do Khoa Tế bào và Giải phẫu bệnh, Bệnh viện K cung cấp (danh sách bệnh nhân đƣợc trình bày ở phần phụ lục 1).

Mẫu đối chứng là mẫu máu và mô của ngƣời u xơ vú (danh sách bệnh nhân đƣợc trình bày ở phần phụ lục 2). Mẫu mơ đƣợc cho vào ống eppendorf vận chuyển về trong nitơ lỏng và bảo quản ở tủ lạnh sâu -80OC. Mẫu máu đƣợc đựng trong ống đựng máu chuyên dụng có chứa chất chống đơng.

2.1.2. Hóa chất

Các hóa chất chính sử dụng cho nghiên cứu đƣợc liệt kê trong bảng 1

Bảng 1. Các hóa chất chính sử dụng cho nghiên cứu Tên hóa chất Nhà sản xuất

Hóa chất tách ADN tổng số mô từ mô (QIA amp DNA mini kit)

QIAGEN (Đức)

Hóa chất tách ADN tổng số từ máu (GeneJET Whole Blood Genomic DNA

Mini KIT)

Thermo Scientific (Mỹ)

Hóa chất thơi gel QIAGEN (Đức) Cặp mồi gen ti thể mt và cặp mồi gen

β-actin (ACTB)

IDT (Mỹ)

Maxima Hot Start PCR MasterMix (2x) Thermo Scientific (Mỹ) Agarose Invitrogen (Mỹ) APS, Acrylamide, Bis-Acrylamide Pharmacia, Thụy Điển

NoLimits DNA Fragment 100bp, 200bp, 400bp

Thermo Scientific (Mỹ)

Acetonitrile, HPLC gradient grade Merk (Đức) Acid acetic Sigma (Mỹ) Triethylamin Sigma (Mỹ)

Các hóa chất khác nhƣ isopropanol, ethanol, agarose, bạc nitrate,… đều đạt độ sạch phân tích dùng trong sinh học phân tử.

2.1.3. Dụng cụ

- Bể ổn nhiêt (Julabo, Đức)

- Tủ an toàn sinh học (Nuaire, Mỹ)

- Buồng điện di Mini-Protean 3 cell (Bio-rad, Mỹ) - Buồng điện di agarose (Bio-rad, Mỹ)

- Speed Vac (Thermo Electron, Mỹ)

- Máy nhân gen PCR 9700 system (Applied Biosystems, Mỹ)

- Máy ly tâm 5417R (Eppendorf, Đức)

- Máy đo NanoDrop 2000c (Thermo Scientific)

- Máy lắc ổn nhiệt (IKA, Đức )

- Tủ ấm (Memer, Đức )

- Tủ lạnh -20C và -80C (Nuaire, Mỹ)

- Hệ thống lọc nƣớc loại vi khuẩn (Pyrex, Mỹ )

- Hệ thống máy microHPLC (Shimadzu, Nhật)

- Cột Hotsep PLRP-S (GTSepTech, Nauy )

- Máy scan, chụp ảnh gel cùng với phần mềm phân tích hình ảnh.

- Máy tính trang bị các phần mềm tin sinh học kết nối đến các cơ sở dữ liệu trực tuyến, phần mềm thiết kế mồi Primer-BLAST.

- Các dụng cụ, trang thiết bị cơ bản khác của phòng Proteomics và Sinh học Cấu trúc thuộc Phịng thí nghiệm Trọng điểm Cơng nghệ Enzyme và Protein.