Hình a: Mẫu khơng mang biến đổi -1562C Hình b: Mẫu mang biến đổi -1562T
Với kết quả giải trình tự, chúng tơi đã khẳng định chắc chắn đã chèn được đoạn gen có kích thước 596bp vào plasmid. Đồng thời, tại vị trí -1562 ở mẫu khơng có biến đổi là C, cịn mẫu có biến đổi là T. Như vậy kết quả giải trình tự plasmid đã chỉ ra có xuất hiện biến đổi C thành T tại vị trí -1562 phù hợp với kết quả phân tích PCR-RFLP.
Sử dụng phần mềm BioEdit và ClustalX để phân tích kết quả giải trình tự và sử dụng chương trình BLAST để so sánh trình tự thu được với trình tự tham
khảo của gen MMP-9 đã được công bố trên ngân hàng gen NCBI
(NG_011468.1), chúng tôi đã xác định được biến đổi trên đoạn promoter gen
MMP-9.
Kết quả so sánh trình tự mẫu khơng mang biến đổi với trình tự tham khảo được biểu diễn ở hình 13.
Hình 13: Kết quả so sánh trình tự mẫu khơng mang biến đổi với trình tự tham khảo sử dụng chương trình BLAST
Kết quả so sánh trình tự mẫu mang biến đổi với trình tự tham khảo được biểu diễn ở hình 14.
Hình 14: Kết quả so sánh trình tự mẫu mang biến đổi với trình tự tham khảo sử dụng chương trình BLAST
Kết quả so sánh thu được là phù hợp với kết quả PCR-RFLP và giải trình tự trực tiếp.
3.2. Kết quả phân tích biến đổi ADN của gen MMP-9 từ mẫu máu
3.2.1. Kết quả khuếch đại đoạn gen có chứa vị trí biến đổi của promoter gen
MMP-9
Kiểm tra ADN tổng số từ mẫu máu của người bệnh và mẫu máu của người bình thường (người cho máu) bằng phương pháp điện di trên gel agarose 1%, đồng thời, tiến hành đo độ hấp thụ của ADN tổng số để đánh giá độ tinh sạch cũng như lượng ADN bằng máy đo quang phổ Nano Drop, kết quả cho thấy lượng ADN trong mẫu thu được là khá sạch đủ điều kiện để tiến hành các thí
nghiệm tiếp theo.
Khuếch đại đoạn ADN có kích thước lý thuyết khoảng 596bp bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu MP9 từ khuôn là ADN tổng số tách từ mẫu máu bệnh, và mẫu máu thường. Sản phẩm PCR được điện di kiểm tra trên gel agarose 1,7% nhuộm EtBr, quan sát dưới tia UV bước sóng 245nm. Kết quả điện di được thể hiện như trong hình 15.