+ Tài nguyên sinh vật
Đầm Thị Nại là một đầm nước lợ - mặn nhiệt đới có nguồn lợi thủy sản khá đa dạng tập trung chủ yếu ở khu vực Cồn Chim. Hàng năm ở khu vực này có khoảng 36 tấn cá được khai thác. Về động vật không xương sống có 102 lồi thuộc 31 họ và 5 nhóm ngành ở khu vực Cồn Chim, mật độ trung bình đạt 8.40,54 cá thể/m2. Về nguồn giống thủy sinh vật: lồi giáp xác có mật độ cao ở ven đầm, trung bình 440 cá thể/100m3. Mật độ nguồn giống thân mềm khá cao - đạt 3.809 cá thể/m3, vào kỳ cao triều có mật độ cao hơn - đạt 5.113 cá thể/m3. [12]
Đầm Thị Nại có Khu phục hồi sinh thái Cồn Chim (được thành lập năm 2004). Khu vực Cồn Chim có tổng diện tích hơn 480ha, bao gồm một loạt các cồn nổi như Cồn Chim, Cồn Giá, Cồn Trạng và vùng nước lân cận gần đầm Thị Nại. Đây là một vùng có hệ sinh thái động, thực vật phong phú và giàu tiềm năng, với rừng ngập mặn và thảm cỏ biển là nơi sinh sống lý tưởng của nhiều loại thủy sản có giá trị. Các nhà khoa học đã xác định được 25 loài cây ngập mặn, 5 lồi cỏ biển phân bố trên diện tích 50ha, cùng khoảng 64 lồi động vật phù du, 76 loài cá thuộc 40 họ, 35 loài giác xác, 31 loài thân mềm và 1 lồi da gai. Cồn Chim cịn là nơi cư trú của 33 lồi chim, trong đó có 23 lồi chim nước và 10 lồi chim rừng.
+ Tài nguyên vị thế
Với vị trí nằm trong vùng kinh tế trọng điểm miền Trung và nằm gần tuyến đường hàng hải quốc tế trên biển Đơng, có cảng biển quốc tế Quy Nhơn, khu vực đầm Thị Nại có độ nhạy cảm về chính trị cũng như cơ hội phát triển KT-XH to lớn.
+ Tài nguyên đất ngập nước
Khu vực nghiên cứu có hệ sinh thái đất ngập nước tương đối đa dạng. Rừng ngập mặn ở đầm Thị Nại có diện tích khoảng 185ha với khoảng hơn 49 lồi cây ngập mặn như: Mắm trắng, Đước đôi, Đưng, Đâng, Giá, Bần trắng, Tra lâm vồ, Tra nhớt. Trong thời gian tới tỉnh Bình Định đang có kế hoạch trồng mới 60ha rừng ngập mặn tại vùng bãi triều thuộc đầm Thị Nại trong giai đoạn 2010 - 2015 đến năm 2020 với diện tích 220 ha. Khu vực Cồn Chim đã xác định được 5 loài cỏ biển phân bố trên nền đáy bùn cát và cát bùn dọc theo vùng nước nông ven bờ các cồn, với sinh lượng dao động từ 24 - 65 gam khơ/m2 và độ phủ có nơi đạt tới 75 %. Tổng diện tích thảm cỏ biển khoảng 50 ha. Sau khi có dự án phục hồi hệ sinh thái rừng ngập mặn, thảm cỏ biển dưới tán rừng ngập mặn cũng dần phục hồi.
+ Khoáng sản
Do cấu trúc địa chất, trong thành phần trầm tích vịnh Quy Nhơn hàm lượng khoáng vật nặng Ilmenit, Zircon, Rutin... khá cao, chúng phân bố ở độ sâu khơng q 20m nước. Tuy nhiên, Trong diện tích vùng đầm Thị Nại theo các kết quả điều tra khảo sát của Dự án “Điều tra đặc điểm địa chất, địa động lực, địa chất khoáng
sản, địa chất môi trường và dự báo tai biến địa chất vùng biển Thừa Thiên Huế - Bình Định (0-60m nước) tỷ lệ 1:100.000. do Trung tâm Điều tra tài nguyên – môi trường biển thực hiện. Trong khu vực đầm Thị Nại ít có triển vọng về mặt khống sản [15].