3.3. XÁC ĐỊNH NGUỒN GỐC CỦA BQCV LƯU HÀNH TRÊN ONG MẬT TẠI CÁC TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM
Bên cạnh việc phát hiện sự lây nhiễm và sự phân bố của BQCV trên các đàn ong mật ở miền Bắc Việt Nam, việc xác định được nguồn gốc tiến hóa, đặc điểm phân tử của virus này cũng có ý nghĩa hết sức quan trọng, cung cấp các cơ sở khoa học trong công tác dự phòng và khoanh vùng dịch bệnh. Nhằm bước đầu tìm hiểu nguồn gốc tiến hóa của BQCV đại diện lưu hành trên các đàn ong mật ở miền Bắc
Việt Nam, chúng tôi tiến hành phân lập và xác định trình tự gen mã hóa Helicase
Thực hiện phản ứng RT-PCR với các mẫu dương tính với BQCV ở trên sử
dụng cặp mồi đặc hiệu gen Helicase chúng tôi đã khuếch đại đoạn gen này từ 6 mẫu
(T272, T285, T287, T309, T320, T329). Các sản phẩm RT-PCR này được tinh sạch và tiến hành giải trình tự bằng máy xác định trình tự tự động ABI 3100. Quá trình
giải trình tự gen mã hóa Helicase được tiến hành như đã mô tả với việc xác định
trình tự đoạn DNA đặc hiệu cho BQCV. Kết quả thu được các đoạn trình tự có chiều dài ~ 650 bp (phụ lục 3 – phụ lục 8).
Khi so sánh các trình tự nucleotide mã hóa Helicase từ BQCV phân lập ở
miền Bắc Việt Nam với nhau chúng tôi nhận thấy chúng có tương đồng rất cao (97 – 100%), trong đó 2 trình tự T278 và T285 có độ tương đồng là 100%. Điều này gợi ý rằng các chủng BQCV lưu hành ở miền Bắc Việt Nam là cùng một chủng. Tuy
nhiên, khi so sánh các trình tự này với các trình tự gen Helicase cơng bố trên
Genbank chúng tơi nhận thấy chúng có độ tương đồng thấp, giao động từ 88-93%
với trình tự gen Helicase của BQCV từ Balan, Hugary, Áo và Hàn Quốc.
Để tìm hiểu rõ hơn về sự sai khác giữa các chủng BQCV lưu hành ở miền Bắc Việt Nam với các chủng BQCV trên thế giới, chúng tôi tiến hành xây dựng cây
phát sinh chủng loại dựa trên cơ sở so sánh các trình nucleotide gen Helicase. Cây phát sinh lồi được xây dựng bao gồm 6 trình tự gen Helicase từ BQCV ở miền Bắc Việt Nam mà chúng tôi phân lập được và 11 trình tự Helicase từ BQCV ở các quốc
gia khác (Balan, Hungary, Áo và Hàn Quốc) bằng phần mềm MEGA (version 6.1). Thuật tốn được chúng tơi sử dụng ở đây là neighbor joining với hệ số boostrap lặp lại 1000 lần. Kết quả được thể hiện ở hình dưới đây: