Nhiệt độ lên men
Quá trình chế biến nước mắm là một quá trình lên men với sự tham gia của enzyme trong cá và vi sinh vật. Nhiệt độ ảnh hưởng lớn đến quá trình chế biến nước mắm bởi nhiệt độ ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt lực của enzyme. Nhiều kết quả nghiên cứu cho thấy lên men được tiếp nhiệt 40-500C đã rút ngắn thời gian chín từ 6 tháng xuống còn 2 đến 3 tháng.
pH của môi trường
pH của môi trường cũng ảnh hưởng đến quá trình chế biến nước mắm. Hệ protease trong cá có thể hoạt động thích hợp ở môi trường trung tính, acid hay bazơ. Qua thực nghiệm nếu điều chỉnh pH môi trường về 1.5-2.5 thì màu sắc của nước mắm đẹp nhưng mùi vị kém hơn môi trường tự nhiên. Nếu điều chỉnh pH về 7.5-8.5 thì tốc độ thủy phân nhanh nhưng đạm thối nhiều và màu sắc xám xẫm. Do vậy người ta duy trì môi trường chế biến là môi trường tự nhiên của cá, ở môi trường này cho màu sắc và mùi vị ưu việt hơn cả.
Nồng độ và độ sạch của muối
Muối là vật liệu quan trọng trong chế biến nước mắm. Muối có vai trò bảo quản nguyên liệu và các vật chất sinh thành khỏi bị thối rửa và tạo vị cho nước mắm. Muối lẫn nhiều tạp chất sẽ ảnh hưởng đến chất lượng của nước mắm. Nồng độ muối cũng ảnh hưởng đến tốc độ thủy phân thịt cá. Nếu nồng độ muối cao ngay từ đầu thì quá trình thủy phân sẽ rất chậm. Để rút ngắn thời gian chế biến cần giảm lượng muối ở thời gian đầu bằng cách cho muối nhiều lần. Sau đó, lượng muối được tăng dần cùng với lượng vật chất sinh thành trong dịch lên men. Tổng lượng muối trong quá trình chế biến là 22-25%.
Tác động cơ học
Nếu thịt cá được xay vụn đập dập, cắt nhỏ thì tốc độ thủy phân được tăng cường bởi lẽ diện tích tiếp xúc giữa enzyme và cơ chất tăng lên. Trong các phương pháp làm nhỏ cá thì phương pháp đập dập là ưu việt hơn cả. Đánh đảo chượp trong quá trình chế biến cũng góp phần làm rút ngắn thời gian chượp chín. Nguyên liệu
ban đầu cũng ảnh hưởng lớn đến quá trình chế biến và chất lượng của nước mắm. Cá có kết cấu cơ thịt lỏng lẻo, ít vẩy thì chượp mau chín hơn. Cá béo thường làm cho mắm có mùi khét.