2.2.7. Nhận diện và phân loại protein màng huyết thanh bệnh nhân mạch vành cấp vành cấp
Tập hợp protein
Sau khi phần mềm Mascot trả các kết quả đã truy vấn, những kết quả này đƣợc chuyển sang cơ sở dữ liệu Uniprot để tìm kiếm các protein có dữ liệu cụ thể đi kèm nhƣ là vị trí, chức năng hay các q trình mà protein đó tham gia. Các dữ liệu này đƣợc xuất lên chƣơng trình Excel thuận tiện cho việc truy xuất. Tiếp theo, các protein màng sẽ đƣợc nhận diện thông qua các giữ liệu GO (Gene Ontology) và đƣợc sẽ đƣợc phân tích sâu hơn về vị trí dƣới tế bào, các cải biến sau dịch mã, sự biến động về khối lƣợng, các chức năng sinh học cụ thể. Đặc biệt hơn là vai trò của một số protein trong các diễn biến bệnh lí có liên quan đến hội chứng mạch vành cấp (Hình 3).
Các dữ liệu trình tự protein đƣợc truy vấn vào ba chƣơng trình tin sinh học là SOSUI, Phobius và TMHMM. Những chƣơng trình này sẽ dự đốn số lƣợng vùng xuyên màng mà mỗi protein có cũng nhƣ vị trí của các vùng này trên phân tử protein. Các kết quả thu đƣợc sau đó đƣợc đem so sánh với nhau.
Chƣơng 3 - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. KẾT QUẢ
3.1.1. Loại albumin và IgG trong huyết thanh
Trong thành phần của huyết thanh có hai protein chiếm hàm lƣợng rất lớn là albumin và IgG. Trong khi đó lại có những protein có hàm lƣợng rất thấp, chỉ vài μg/ml. Chính sự chênh lệch đáng kể này đã tạo ra một vài trở ngại cho q trình phân tích mẫu huyết thanh. Điển hình nhƣ việc băng hiển thị của albumin ở bƣớc điện di sẽ chèn ép các băng hiển thị của những protein khác. Thậm chí albumin cịn có thể phá hỏng cấu trúc của các giếng điện di. Nhƣ vậy, nhu cầu đặt ra là phải loại bớt albumin và IgG trong huyết thanh. Ngoài việc khắc phục những nhƣợc điểm ở trên, việc loại bớt này còn giúp tăng hàm lƣợng các protein khác lên gấp từ hai đến ba lần khi lên mẫu, đặc biệt là các protein có hàm lƣợng rất thấp nhƣng có thể có vai trị quan trọng. Vì u cầu đặt ra chỉ là giảm hàm lƣợng hai protein đặc trƣng trong một thể tích mẫu nhỏ nên phƣơng pháp khả thi nhất là sử dụng sắc kí ái lực. Hơn nữa, trên thị trƣờng hiện nay các bộ kít của những hãng hóa chất uy tín có bản chất là sắc kí ái lực để loại bớt albumin và IgG đƣợc phân phối khá phổ biến. Trong quá trình tìm hiểu và thử nghiệm thì Aurum™ Serum Protein Mini Kit (BioRad, Hoa Kì) là phù hợp nhất. Bên trong cột sắc kí của kít này có chứa hai loại hạt gel Affi-Gel Blue và Affi-Gel protein A. Aff-Gel Blue cấu tạo bởi các hạt gel agarose liên kết chéo cộng hóa trị với Cibacron Blue F3-GA. Với khả năng gắn albumin lên đến 11mg/ml, Aff-Gel Blue đƣợc sử dụng để phân tách và tinh sạch rất nhiều mẫu huyết tƣơng và huyết thanh. Đây chính là ƣu điểm lớn nhất của loại gel này. Nhƣợc điểm của Aff-Gel Blue là sự thiếu đặc hiệu do có khả năng gắn với một số protein khác [24]. Tuy nhiên, các sản phẩm hiện nay trong đó có Aurum™ Serum Protein
Mini Kit đã đƣợc phát triển để hạn chế tối đa nhƣợc điểm này. Protein A, đƣợc tách
từ Staphylococcus aureus, có khả năng gắn đặc hiệu cao với vùng Fc của các phân tử IgG. Loại protein này từ lâu đã đƣợc sử dụng rộng rãi để tinh sạch IgG từ nhiều
lồi động vật có vú khác nhau. Aff-Gel protein A có cơng suất gắn 15mg IgG huyết thanh ngƣời trên 1ml gel [33].
1 2 M KDa 116,2 62,6 45 35 25,5 18,4 14,4