1.4.1. Những nghiên cứu trên thế giới
Gần đây, những nghiên cứu proteomics về các bệnh lí tim mạch đang tập trung nhiều vào việc phân tích về các protein màng với những cải tiến về kĩ thuật trong việc làm giàu các protein này. Bên cạnh đó, các nhà khoa học cũng quan tâm đến việc tìm hiểu hệ protein của các cấu trúc dƣới tế bào và các hệ thống sinh học để tìm kiếm các chỉ thị bệnh có giá trị. Đa phần các nghiên cứu đƣợc thực hiện trên mơ hình chuột. Kislinger và cộng sự vào năm 2006 đã thực hiện phân đoạn các thành phần cấu tạo nên tế bào của rất nhiều loại mô bao gồm cả mô tim chuột và kết hợp với các phân tích khối phổ. Tác giả đã thu đƣợc 1652 protein tim, tuy nhiên số lƣợng protein màng tế bào thu đƣợc lại ít hơn mong đợi [29]. Một nghiên cứu khác tiến hành vào năm 2011 của Parker cũng đã nhận diện đƣợc 1556 vị trí glycosyl hóa liên kết đầu N (N-linked) đại diện cho 972 nhóm protein từ các protein tim chuột. Trong số đó, 650 protein đƣợc dự đốn là có vùng xun màng. Các phân tích cũng hé lộ rằng có tới 76,9% các protein đã đƣợc nhận diện cho thấy chúng định vị trên màng [43].
Điện di hai chiều giữ vai trò quan trọng trong các nghiên cứu proteomics. Với khả năng phân tách protein theo cả điểm đẳng điện và khối lƣợng nên kĩ thuật này rất hữu hiệu trong việc phát hiện ra các cải biến sau dịch mã – nhân tố làm biến đổi giá trị đẳng điện cũng nhƣ khối lƣợng protein. Tuy vậy, hạn chế chủ yếu của kĩ thuật này chính nằm ở phạm vi phân tích. Điện di hai chiều chỉ giới hạn trong tầm
hoạt động khoảng 104
so với độ đa dạng rất lớn của các protein trong tế bào hay mô (106), và đặc biệt là trong huyết thanh (1012). Để vƣợt qua vấn đề này cần phải làm đơn giản hóa các mẫu và điển hình nhất là nghiên cứu trên từng phần dƣới tế bào thay vì nghiên cứu tồn bộ tế bào. Tuy vậy, điện di hai chiều vẫn có một nhƣợc
điểm nữa trong nghiên cứu các protein màng. Đó là các protein màng rất khó hịa tan trong đệm điện di đẳng điện. Vấn đề này có thể khắc phục bằng điện di một chiều kết hợp LC-MS/MS trong phân tích tổng thể [44]. Trên cơ sở đó, Franklin đã tách chiết phần nhân tế bào tim của chuột,sau đó phân đoạn thành những phần nhỏ hơn nhƣ phần protein tan trong acid, protein liên kết chất nhiễm sắc, protein chất nền của nhân. Sử dụng phân tích proteomics tác giả đã nhận diện đƣợc 1048 protein trong đó có 142 protein có vùng xuyên màng. Xa hơn, sử dụng kĩ thuật phổ khối lƣợng độ chính xác cao để tìm các peptide tƣơng ứng với tồn bộ 54 biến thể của histone kết quả cũng cho thấy có 17 trong số đó đƣợc nhận diện bằng một peptide đặc trƣng duy nhất [23].
1.4.2. Những nghiên cứu tại Việt Nam
Năm 2010, Trần Thế Thành cùng cộng sự đã tiến hành tách chiết protein màng từ mô gan chuột, sử dụng sắc kí lỏng kết nối khối phổ đã nhận diện đƣợc 318 protein màng. Trong đó có 212 protein (66,67%) có ít nhất một vùng xuyên màng đƣợc dự đốn bằng chƣơng trình SOSUI [46]. Năm 2013, Nguyễn Tiến Dũng đã sử dụng phƣơng pháp tƣơng tự khi phân tích mơ não chuột và truy vấn trên cơ sở dữ liệu UniProt cũng tìm thấy 298 protein màng. Sau khi kết hợp hai công cụ tin sinh là SOSUI và TMHMM tác giả cũng dự đoán đƣợc 129 protein trong số đó (43,3%) có vùng xuyên màng [21]. Gần đây nhất Nguyễn Thị Minh Phƣơng dựa trên cách tiếp cận proteomics trong nghiên cứu so sánh mức độ biểu hiện của các protein bền nhiệt trong huyết thanh bệnh nhân ACS. Kết quả đã phát hiện đƣợc 19 protein có mức độ biểu hiện thay đổi, trong đó có 7 protein chỉ biểu hiện tăng, 3 protein chỉ
biểu hiện giảm và 9 protein biểu hiện thay đổi lúc tăng lúc giảm [6]. Tuy vậy, các
nghiên cứu protein màng tổng thể trên đối tƣợng con ngƣời mà cụ thể là huyết thanh vẫn chƣa có nhiều. Do đó, chúng tơi đã thực hiện nghiên cứu này nhằm xây dựng dữ liệu protein màng để làm tiền đề cơ bản cho những nghiên cứu ứng dụng về ACS trong tƣơng lai.
Chƣơng 2 - NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP