CHƢƠNG 1 TỔNG QUAN
2.2. Phƣơng pháp nghiên cứu
2.2.2. Đánh giá sự tƣơng đồng của bộ kit mới chế tạo với bộ kit thƣơng mại
Các mẫu đƣợc sử dụng để so sánh tƣơng đồng giữa các kit bao gồm: 20 mẫu ADN đã đƣợc xác định âm tính với 16 type HPV trong nghiên cứu đƣợc cung cấp bởi bệnh viện Phụ Sản Trung ƣơng và Bệnh viện Da liễu Trung ƣơng; 30 mẫu ADN đã đƣợc xác định dƣơng tính gồm 25 mẫu đã đƣợc xác định dƣơng tính với các type HPV nguy cơ cao (HPV 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68) do bệnh viện Phụ Sản Trung ƣơng cung cấp đƣợc xác định bằng kit thƣơng mại Real time Cobas®HPV test của hãng Roche - USA và 5 mẫu dƣơng tính với HPV nguy cơ thấp (HPV 6, 11) do bệnh viện Da liễu Trung ƣơng cung cấp đã đƣợc xác định bằng HPV 6/11 Real-TM của hãng Sacace - Italy. Kít Real time Cobas®HPV test (Roche - USA) và HPV 6/11 Real-TM (Sacace - Italy) là hai kit đã đƣợc cấp chứng nhận IVD. Kít Cobas®HPV test đã đƣợc FDA chấp thuận cho sàng lọc tầm soát ung thƣ cổ tử cung.
Tiến hành thực hiện phản ứng real time PCR với bộ kit mới nghiên cứu trên các mẫu đã đƣợc chẩn đốn âm tính và dƣơng tính với hai kít thƣơng mại trên để đánh giá độ tƣơng đồng về khả năng phát hiện chính xác sự có mặt của các type HPV. Kết quả so sánh đƣợc chuyển thành Bảng 2.11.
Bảng 2.11. So sánh sự tương đồng giữa kit trong nghiên cứu và kit thương mại
Kit trong nghiên cứu (Dƣơng tính)
Kit trong nghiên cứu (Âm tính)
Tổng số
Kit thƣơng mại
(Dƣơng tính) a b a+b
Kít thƣơng mại
(Âm tính) c d c+d
Tổng số a+c b+d a+b+c+d
Tiến hành đánh giá sự tƣơng đồng giữa kit trong nghiên cứu với kit thƣơng mại thông qua hệ số phù hợp Kappa theo cơng thức:
Trong đó:
- OA: Observed Agreement: Phù hợp quan sát. Đƣợc tính theo cơng thức
- EA: Expected Agreement: Phù hợp tính tốn