Nhóm chức năng gen AtMRP
Kiểm sốt ion kim loại 2 Phản ứng điều kiện bất lợi 1 Xử lý RNA 4 Điều hòa phiên mã RNA 20 Biến đổi protein 12 Truyền dẫn tín hiệu (Ca2+) 6 Chu trình tế bào 3 Sự phát triển 1 Vận chuyển (kim loại) 6 Chưa biết chức năng 56
(Một số gen có thể được phân loại vào nhiều hơn một nhóm chức năng)
Hình 3.1. Sự phân bố gen mã hóa MRP trong các q trình sinh học khác nhau của
Sản phẩm của các gen AtMRP cũng được phân loại dựa vào phần mềm
BLAST2GO phiên bản 3.0 để phân loại thành nhóm chức năng: q trình sinh học (Hình 3.2), thành phần của tế bào (Hình 3.3) và chức năng phân tử (Hình 3.4). Kết quả phân loại chức năng gen nhờ phần mềm BLAST2GO cũng cho thấy tầm quan trọng của MRP, tham gia vào nhiều chức năng trong các quá trình sinh học của thực vật, giữ chức năng phân tử cũng như tham gia vào các thành phần quan trọng của tế bào.
Hình 3.2. Phân loại chức năng của các gen AtMRP theo quá trình sinh học
Hình 3.3. Phân loại chức năng của các gen AtMRP theo thành phần tế bào
(Các gen có thể được phân loại vào nhiều hơn một nhóm chức năng)
Hình 3.4. Phân loại gen AtMRP theo tham gia vào chức năng phân tử
Lục lạp và ty thể là hai bào quan sản sinh ra ROS ở mức độ cao. Như vậy, việc xác định vị trí hoạt động của MRP trong bào quan có thể góp phần làm sáng tỏ về chức năng của chúng. Để nhận biết đích đến của MRP trong tế bào, chúng tôi đã sử dụng 3 công cụ bao gồm ChloroP, pSORT và CELLO để dự đoán dựa trên trình tự polypeptide của 121 MRP ở định dạng fasta. Kết quả là 21 MRP được dự đốn có đích đến ở lục lạp bởi ChloroP và/hoặc pSORT, trong khi chỉ có 9 MRP được dự đốn là cư trú trong ty thể của tế bào thực vật bởi pSORT và/hoặc CELLO (Bảng
3.2 và Hình 3.5). Trong đó, chỉ có 2 protein cùng được dự đốn là nằm trên lục lạp
bởi ChloroP và pSORT và chỉ có 1 protein cũng được dự đốn ở ty thể bởi pSORT và CELLO (Hình 3.5).
Hình 3.5. Dự đốn vị trí của các MRP trong tế bào của Arabidopsis thaliana bằng phần mềm ChloroP, pSORT và CELLO
Việc có ít trùng lặp trong kết quả dự đoán giữa các phương pháp tin sinh học về vị trí lưu trú của các protein đặc hiệu đã được nhóm tác giả Liu và cs nêu rõ, cụ thể là do sự khác nhau trong thuật toán và cơ sở dữ liệu mẫu của mỗi phương pháp nên thường các cơng cụ dự đốn khác nhau cho ra những kết quả cũng khá là khác nhau [58]. Do đó, chúng tơi quan tâm nhiều hơn đến tổng số lượng dự đốn của MRP có kết quả là đích đến là lục lạp và ty thể từ cả 2 phần mềm, bởi kết quả này có thể bổ trợ cho nhau.
10 2 9 ChloroP pSORT A. Lục lạp 21 2 1 6 CELLO pSORT B. Ty thể 9