Chương 1 TỔNG QUAN
1.9. Phương pháp phân tích mơ phỏng cấu trúc protein
1.9.1. Khái niệm mô phỏng tương đồng
Mô phỏng tương đồng (Homology modeling) là việc tạo dựng một mơ hình ở mức độ phân tử của một protein đích (dựa trên trình tự axit amin của protein đó và cấu trúc 3D thực nghiệm của một trình tự tương đồng). Trong luận văn này, chúng tơi tạm gọi trình tự tương đồng đó là “Trình tự khn”. Cấu trúc 3D của một protein đã được chứng minh là bảo thủ hơn so với trình tự axit amin của chính protein đó [10]. Vì vậy, việc phân tích cấu trúc protein theo phương pháp mô phỏng tương đồng là cách hiệu quả hơn để đánh giá được những biến đổi trong trình tự axit amin của protein. Trên thực tế, phương pháp này cũng đang là phương pháp chính xác nhất để mô phỏng cấu trúc 3D của protein và được sử dụng rất nhiều trong những nghiên cứu ứng dụng thực tiễn.
1.9.2. Chương trình mơ phỏng cấu trúc protein SWISS-MODEL
SWISS-MODEL là tên gọi của một chương trình chạy trên website tương ứng (swissmodel.expasy.org). Chương trình này là thành quả của rất nhiều nghiên cứu khác nhau, có chức năng mơ phỏng cấu trúc protein theo phương pháp mô phỏng tương đồng. Nguyên tắc hoạt động của SWISS-MODEL là nó sẽ so sánh trình tự của protein đích với cơ sở dữ liệu của ngân hàng dữ liệu protein (Protein Data Bank – PDB), từ đó tìm ra những trình tự khn đã có cấu trúc 3D thực nghiệm, và mơ phỏng cấu trúc của protein đích dựa trên cấu trúc 3D thực nghiệm đó [62]. Cuối cùng, người nghiên cứu có thể tải tệp dữ liệu cấu trúc về máy tính để phân tích trên các phần mềm thích hợp. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã sử dụng phần mềm pyMOL [14] để đọc kết quả thu được từ chương trình SWISS-MODEL.