2. Phương pháp nghiên cứu
2.4. Xây dựng cây phát sinh chủng loại và phân tích thời gian tiến hóa
Với các trình tự gen thu được, chúng tơi tiến hành sắp xếp thẳng hàng cùng với các đoạn gen chuẩn lấy từ ngân hàng gen bằng phần mềm BioEdit v5 để xây dựng dữ liệu để tiến hành phân tích cây phát sinh chủng loại. Cơ sở dữ liệu của chúng tôi bao gồm:
- Nhóm ngồi (out group): Trình tự gen của hai loài Panolia eldii và Elaphodus cephalophus được chúng tơi sử dụng làm nhóm ngồi. Hai lồi trên có
quan hệ khá gần gũi với nhóm Mang. Trong đó Elaphodus cephalophus thuộc cùng tơng Muntiacini cùng với nhóm Mang. Đồng thời, 2 lồi trên cũng được sử dụng rất nhiều làm nhóm ngồi trong các nghiên cứu trước về nhóm Mang [6 , 7 , 36].
- Nhóm trong (in group): 45 trình tự có được từ ngân hàng gen của 9 loài Mang (loài Mang M. antherodes, M. montanus và M. muntjak hiện nay chưa có dữ
liệu gen); và 86 trình tự của 5 lồi Mang thu được qua nghiên cứu này.
Sau đó, các dữ liệu về gen được sắp xếp thẳng hàng và đưa vào tập tin định dạng nexus (.nex) để từ đó có thể đưa vào các phần mềm tin sinh và tiến hành phân tích. Thơng tin về các cơ sở dữ liệu các gen chi tiết ở Bảng 4. Tập tin chứa cơ sở dữ liệu về gen này được sử dụng để xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa trên 3
phương pháp: phương pháp Tiết kiệm tối đa (MP) và phương pháp Hợp lý tối đa (ML) có trong phần mềm PAUP ver 4 beta 10 [39], phương pháp Bayesian có trong phần mềm Mr.Bayes (ver 3.4) [22]. Việc sử dụng cả ba phương pháp cho phép chúng tôi so sánh và đối chiếu các kết quả thu được nhằm đưa ra các kết luận đáng tin cậy cho nghiên cứu.