2. Phương pháp nghiên cứu
2.4.3.Xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng phương pháp Bayesian
Tương tự, mơ hình tiến hóa cho phân tích Bayesian cũng giống với phân tích ML, có được nhờ phần mềm Modeltest v3.7, hai phân tích này sử dụng chung mơ hình tiến hóa.
Phân tích Bayesian được thực hiên nhờ phần mềm MrBayes v3.1 [22]. Phân tích được thực hiện với việc bắt đầu từ một cây ngẫu nhiên và chạy trong 10x106 thế hệ. Bốn chuỗi Markov, một nóng và ba lạnh (giá trị mặc định) được lấy mẫu sau mỗi 1000 thế hệ. Hai phân tích đồng thời sẽ được tiến hành song song. Sau phân tích, cần xác định các điểm lấy mẫu, mà tại đó giá trị của chuỗi Markov bắt đầu ổn định, các cây ở trước thời điểm lấy mẫu này sẽ được loại bỏ. Chúng tơi tiến hành phân tích, xây dựng cây phát sinh chủng loại sử dụng cả dữ liệu kết hợp trình tự cả 4 gen thành một tổ hợp chung (combined); và phân tích riêng từng gen trong tổ hợp (partitioned) của cả 4 gen nhằm xác định sự sai khác về tốc độ biến đổi của các nucleotide trong các mã bộ ba (codon) [9 , 32]. Xác suất hậu nghiệm (PP) của nhánh tiến hóa được xác định là cao khi giá trị đạt lớn hơn 95% và ngược lại.
2.4.4. Phân tích thời gian tiến hóa
Để xác định thời gian tiến hóa, phân tách của các lồi Mang, chúng tơi sử dụng phần mềm BEAST v 1.8 [14]. Phần mềm này hiện nay đã và đang được sử dụng rất phổ biến trong các nghiên cứu về tiến hóa, và đã cho nhiều kết quả khả quan [14 , 26].
Với dữ liệu đầu vào cho phần mềm BEAUti, chúng tôi sử dụng file định dạng nex, tương tự như với phân tích MP, ML. Dữ liệu ADN này đã được lựa chọn, chỉ dữ lại các taxa đại diện cho các nhánh tiến hóa tương ứng của các lồi Mang. Chúng tơi sử dụng phương pháp “relaxed-clock” để đánh giá thời gian phân tách [13]. Chúng tôi sử dụng một mốc thời gian là 7.4 triệu năm, đây là thời điểm tông Muntiacini đã tách thành một nhánh riêng biệt [5]. Cho các tham số tiền nghiệm,
chúng tôi sử dụng các tùy chỉnh “Tree prior” là “Coalescent-Constant size”. Phân tích chạy trong 10x106 thế hệ, lấy mẫu sau 1000 thế hệ. Sau cùng, BEAUti tạo ra file dữ liệu dựa trên các thông tin chúng tôi khai báo, file này sử dụng cho phần mềm BEAST để chạy phân tích.