Kết quả giải trình tự được chúng tơi kiểm tra nhằm đảm bảo tín hiệu rõ ràng, ít xảy ra sự chồng lên nhau của các tín hiệu. Khoảng 20-30 nucleotide đầu tiên và cuối cùng của trình tự, tín hiệu thường bị nhiễu, các đỉnh có thể bị chồng lên nhau (Hình 12). Hiện tượng này xảy ra ở tất cả các mẫu, do ở những nucleotide đầu, máy giải trình tự chưa thể đọc tốt bởi phản ứng giải trình tự chưa diễn ra ổn định, đây cũng là hạn chế của phản ứng giải trình tự hiện nay. Đoạn trình tự bị nhiễu này sẽ được chúng tôi sử dụng phần mềm chuyên dụng để loại bỏ, tránh gây nhầm lẫn khi xây dựng cây phát sinh chủng loại. Việc loại bỏ đoạn trình tự ở hai đầu này hồn tồn khơng làm ảnh hưởng tới độ dài của đoạn gen chúng tôi cần bởi các đoạn mồi sử dụng đã được thiết kế để có thể nhân lên trình tự dài hơn phân đoạn gen mong muốn.
Hai chiều của đoạn gen sau khi được xác định là đủ tin cậy để sử dụng, chúng tôi tiến hành đối chiếu với nhau để thu được trình tự tin cậy nhất của đoạn gen. Chúng tôi sử dụng phần mềm Genenious v8.0 để thực hiện q trình đối chiếu này. Hình ảnh của tín hiệu và trình tự của mỗi chiều sẽ được sắp xếp thẳng hàng với nhau, khi tín hiệu và tại từng nucleotide của mỗi chiều đều tốt và trình tự nucleotide ở cả hai chiều trùng nhau thì nucleotide đấy chúng tơi chấp nhận (Phụ lục 5,6,7,8,9).
Trình tự sau cùng chúng tôi thu được sẽ được kiểm tra lại bằng cách so sánh với ngân hàng gen của hệ thống NCBI để xác nhận đã nhân đúng đoạn gen, đúng lồi mong muốn thơng qua cơng cụ BLAST có sẵn trên hệ thống này. Kết quả cuối cùng, chúng tơi đã thu được trình tự của 58 gen Cyt-b, 13 trình tự gen ND4, 12 trình tự gen G-fib và 4 trình tự gen 16S.