Quyền và nghĩa vụ của các bên trong hợp đồng nhượng quyền thương mại chính là sự thỏa thuận của các bên về phân chia lợi nhuận và trách nhiệm có liên quan trực tiếp đến hợp đồng. Đây là điều khoản quan trọng bậc nhất của hợp đồng và cần phải thể hiện cụ thể. Để thực hiện được hợp đồng thì cả bên nhượng quyền và bên nhận quyền phải có các quyền và nghĩa vụ để hoạt động một cách tốt nhất. Nội dung trong hợp đồng cũng phải đề cập đến vấn đề xây dựng kế hoạch tiến độ thời hạn, địa điểm và phương thức nhượng quyền này được thực hiện ở đâu và trong phạm vi bao lâu, thực hiện theo từng giai đoạn như thế nào.
Bên nhượng quyền sẽ gửi cho bên nhận quyền các nội dung chính của hợp đồng để họ nghiên cứu và bổ sung thêm các điều khoản cần thiết. Nghĩa vụ của bên nhận quyền chủ yếu là cam kết về việc thực hiện hợp đồng, phạm vi lãnh thổ và thời hạn thực hiện. Nếu bên nhượng quyền không quy định rõ thì nhất thiết bên nhận quyền phải trao đổi xem liệu mình có được phép chỉnh sửa một số quy định trong hệ thống nhượng quyền, nếu có thì được chỉnh sửa đến đâu và phải thơng báo những gì cho nhà nhượng quyền.
Pháp luật nêu ra những quy định tham khảo về quyền và nghĩa vụ của mỗi bên nếu như các bên khơng có thỏa thuận nào khác, hoặc nếu các bên không muốn ghi rõ trong hợp đồng. Điều 286 và Điều 287 Luật thương mại quy định về quyền và nghĩa vụ của bên nhượng quyền trong quan hệ hợp đồng nhượng quyền thương mại.
Trong thực tế, một trong những vấn đề làm đau đầu các nhà nhượng quyền trong quá trình kinh doanh là thương hiệu "nhái" do chất lượng của các hàng giả thương hiệu không đạt tiêu chuẩn, gây nhầm lẫn cho khách hàng và ảnh hưởng nghiêm trọng tới uy tín của nhà nhượng quyền và doanh thu của các bên. Thống kê gần đây của Công ty cà phê Trung Nguyên cho biết có hàng trăm cửa
hàng cà phê Trung Nguyên giả mà khơng thể kiểm sốt và xử lý triệt để được. Hầu hết các cửa hàng này "chỉ treo biển hiệu của cà phê Trung Nguyên nhưng bên trong cửa hàng thì kinh doanh đủ các loại đồ uống, thậm chí cà phê sử dụng trong đó cũng không phải là của hãng Trung Nguyên" [14].
Quyền và nghĩa vụ của thương nhân nhận quyền cũng được pháp luật quy định khá cụ thể tại Điều 288 và Điều 289 Luật thương mại. Những quy định này sẽ đảm bảo được tính đồng bộ trong hoạt động của toàn bộ hệ thống nhượng quyền thương mại, tuy nhiên cũng sẽ hạn chế tính năng động và sáng tạo trong hoạt động kinh doanh của người nhận quyền. Bên nhận quyền hầu như khơng cịn "khoảng trống" để phát huy những ý tưởng kinh doanh sáng tạo của riêng mình. Bởi việc kinh doanh trên nền tảng của phương thức kinh doanh đã chứng minh sự thành cơng khơng có nghĩa là mọi thứ của phương thức đó đều hợp lý.
Luật thương mại chỉ quy định những điều khoản tối thiểu cần phải có và qua đó cũng nhằm bảo vệ quyền lợi của các bên. Ngoài các nghĩa vụ được pháp luật quy định, các bên có thể thỏa thuận thêm về các quyền và nghĩa vụ trong hợp đồng nhượng quyền thương mại. Pháp luật của một số quốc gia như Australia, Nga, Nhật Bản cũng đưa ra các quyền và nghĩa vụ cụ thể bắt buộc các bên phải thể hiện trong hợp đồng, bên cạnh đó đưa ra những quy định mở mang tính tùy nghi phụ thuộc vào sự thỏa thuận của các bên. Sự cụ thể hóa quyền và nghĩa vụ của các bên tham gia quan hệ nhượng quyền thương mại có vai trị ảnh hưởng quyết định đến hiệu quả kinh doanh và giảm thiểu tranh chấp giữa các bên.