Một số văn bản hướng dẫn luật chậm được ban hành hoặc đã không còn phù hợp với thực tiễn điều tra, truy tố, xét xử dẫn đến nhận thức và áp dụng pháp luật giữa các ngành thiếu thống nhất cũng ảnh hưởng đến chất lượng hoạt động KSĐT.
Số lượng ĐTV còn thiếu, trình độ chuyên môn chưa đáp ứng yêu cầu cải cách tư pháp. Một số hồ sơ vụ án ĐTV được phân công điều tra vụ án chỉ là hình thức; thực chất khoán trắng cho cán bộ điều tra áp dụng các biện pháp nghiệp vụ để điều tra vụ án do đó ít nhiều cũng ảnh hưởng đến chất lượng điều tra vụ án và không tránh khỏi vi phạm quy định của pháp luật.
Trang bị cơ sở vật chất cho hoạt động điều tra nói chung và hoạt động KSĐT nói riêng còn nhiều hạn chế nhất là ở cấp huyện. Một số CQĐT cấp huyện không được trang bị đầy đủ các phương tiện khi khám nghiệm hiện trường, thu thập dấu vết... Trình độ năng lực của ĐTV nhất là cấp huyện còn yếu và thiếu chưa tương xứng với diễn biến tình hình tội phạm ngày càng phức tạp. Các cơ quan hỗ trợ tư pháp của thành phố phần nào đã được kiện toàn nhưng hoạt động chưa thực sự hiệu quả, nhiều việc giám định như giám định gen, giám định độc chất…còn phải trưng cầu đến cấp Trung ương đã ảnh hưởng nhiều đến thời hạn tố tụng, kinh phí điều tra… ảnh hưởng đến chất lượng hoạt động điều tra, KSĐT.
Chế độ tiền lương, phụ cấp đối với các KSV nhất là KSV cấp huyện còn nhiều bất cập vì từ khi BLTTHS năm 2003 tăng thẩm quyền xét xử cho Tòa án cấp huyện thì theo đó thẩm quyền truy tố của VKS cấp huyện cũng được tăng theo. Số lượng án hình sự do cấp huyện thụ lý KSĐT chiếm tới 78 - 80% tổng số án nhưng về biên chế, chế độ lương, phụ cấp vẫn như trước nên đã không động viên khuyến khích được cán bộ tăng cường đầu tư nghiên cứu, tận tâm với công việc.