Tổ chức bộ mỏy và cơ chế hoạt động được thiết lập phữ hợp với thể chế chỡnh trị và thiết chế kinh tế của nước ta trong tiến trớnh đổi mới, thỡch ứng với múi trường phỏp lý hiện tại, vừa đảm bảo sự chỉ đạo điều hành thống nhất, nõng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý và kiểm soỏt hoạt động kiểm toỏn, vừa đảm bảo tỡnh độc lập, khỏch quan trong hoạt động KTNN. Hiện nay, tổ chức bộ mỏy của KTNN đó phỏt triển vượt bậc, vẫn liờn tục được củng cố và ngày càng hoàn thiện hơn. Khi mới thành lập chỉ củ 4 KTNN chuyờn ngành và Văn phũng với chỉ vài chục cỏn bộ, cúng chức tiếp nhận từ cỏc bộ, ngành địa phương chuyển về. Đến nay, KTNN đó hớnh thành bộ mỏy theo mú hớnh tập trung thống nhất gồm 25 đơn vị cấp vụ và tương đương, trong đủ, gồm 6 đơn vị tham mưu, 7 đơn vị KTNN chuyờn ngành, 9 KTNN khu vực và 3 đơn vị sự nghiệp, với hơn 1.500 cỏn bộ, cúng chức. Với phương chõm “cúng minh, chỡnh trực, nghệ tinh, tõm sỏng”, KTNN luún quan tõm chăm lo xõy dựng đội ngũ cỏn bộ, cúng chức, kiểm toỏn viờn trong sạch, vững mạnh đửng với lời dạy của Bỏc Hồ “cúng chức là cúng bộc của nhõn dõn”. Trong đủ, cỏc đơn vị tham mưu: Văn phũng KTNN; Vụ Tổ chức cỏn bộ; Vụ Tổng hợp; Vụ Phỏp chế; Vụ Quan hệ quốc tế. 03 đơn vị sự nghiệp: Trung tõm khoa học và bồi dưỡng cỏn bộ; trung tõm Tin học và Tạp chỡ kiểm toỏn. KTNN chuyờn ngành là đơn vị trực thuộc KTNN, thực hiện kiểm toỏn theo chuyờn ngành đối với cơ quan, tổ chức ở trung ương. KTNN khu vực là đơn vị trực thuộc KTNN, thực hiện kiểm toỏn đối với cơ quan, tổ chức ở địa phương trờn địa bàn và cỏc nhiệm vụ khỏc theo sự phõn cúng của Tổng KTNN. KTNN khu vực củ tư cỏch phỏp nhõn, củ con dấu, tài khoản và trụ sở riờng.