Bờn cạnh việc giải quyết cỏc vấn đề về thiết chế và tổ chức, Tuyờn bố Lima cũng đưa ra những quy định về cỏc quyền hạn của cơ quan KTTC. Những nội dung được trớnh bày trong chương “Cỏc quyền hạn của cơ quan KTTC “khúng chỉ giới hạn vào việc mú tả những khỡa cạnh khỏc nhau của
cỏc hoạt động kiểm toỏn của KTNN mà cũn đi sõu vào việc hoạt động của cơ quan KTTC được quy định chi tiết như thế nào trong từng đạo luật. Về vấn đề này cần phải lưu ý rằng, về nguyờn tắc điều đỏng được hoan nghờnh là quy định chỡnh xỏc và rừ ràng dưới Luật cỏc quyền hạn của cơ quan KTTC để qua đủ đảm bảo một cơ sở phỏp lý vững chắc cho việc thực hiện suún sẻ (khúng bị cản trở) cúng tỏc kiểm toỏn. Dưới giỏc độ của tỡnh độc lập cũng cần phải dành cho cơ quan KTTC một phạm vi tự do nhất định trong việc xỏc định cúng việc kiểm toỏn của mớnh. Cỏc Luật kiểm toỏn được đỏnh giỏ trong đề tài này củ những điểm khỏc nhau quan trọng về mặt nội dung quy định cỏc quyền hạn của cơ quan KTTC. Tuy nhiờn, trong đa số cỏc bộ luật này củ một điểm tương đồng là ỡt hoặc nhiều đều đề cập chi tiết tới những hớnh thỏi quyền hạn khỏc nhau (điểm 16 và 31 Điều 2 Luật Kiểm toỏn Trung Quốc; Điều 6 và Điều 9 Luật Kiểm toỏn Anh; điểm 6a Điều 1 Luật Kiểm toỏn Phỏp; Điều 20 Luật Kiểm toỏn Hàn Quốc; Chương 5 Luật Kiểm toỏn Malayxia; điểm 12 Điều 2 Luật Kiểm toỏn Nga; Điều 3, 4 và Điều 21 Luật Kiểm toỏn Sộc; Chương 7 Luật Kiểm toỏn Thỏi Lan; Điều 15, Điều 16 và Chương IV của Luật KTNN Việt Nam). Trong số này chỉ củ Luật Kiểm toỏn Liờn bang Đức là trường hợp ngoại lệ, Luật Kiểm toỏn Liờn bang Đức khúng quy định về cỏc quyền hạn của KTNN liờn bang. Tuy nhiờn, cỏc quyền của KTNN đư- ợc Hiến phỏp đảm bảo thúng qua khoản 2, Điều 114 của Đạo luật cơ bản (Hiến phỏp), và ngoài ra nhiều điều khoản khỏc nhau của Luật ngõn sỏch (Điều 88 và 114 Quy chế ngõn sỏch Liờn bang Đức (BHO); Điều 53 Luật về cỏc nguyờn tắc ngõn sỏch củ ghi những chi tiết về xỏc định nhiệm vụ, đối tư- ợng kiểm toỏn, chuẩn mực kiểm toỏn và quy trớnh kiểm toỏn của KTNN Liờn bang).
Cỏc quyền hạn cơ bản của cơ quan Kiểm toỏn tối cao bao gồm:
a) Thẩm quyền kiểm toỏn, KTNN là cơ quan kiểm tra tài chỡnh cúng của Nhà nước, do đủ đối tượng của KTNN là cỏc cơ quan, đơn vị, tổ chức củ nhiệm vụ quản lý, thu ư chi và sử dụng NSNN; tài sản nhà nước và cỏc cúng
quỹ quốc gia. KTNN được ỏp dụng cỏc hớnh thức kiểm toỏn bỏo cỏo tài chỡnh, kiểm toỏn tuõn thủ và kiểm toỏn hoạt động. Kiểm toỏn bỏo tài chỡnh là nhằm xỏc định tỡnh trung thực, hợp phỏp của bỏo cỏo quyết toỏn; kiểm toỏn tuõn thủ nhằm đỏnh giỏ việc chấp hành phỏp luật trong hoạt động; kiểm toỏn hoạt động để đỏnh giỏ tỡnh kinh tế, hiệu quả sử dụng kinh phỡ của cỏc cơ quan, đơn vị.
b) Thẩm quyền xõy dựng chuẩn mực, quy trớnh kiểm toỏn: Tỡnh độc lập phải được bảo đảm cho KTNN xõy dựng và thực hiện kiểm toỏn theo một qui trớnh nghiệp vụ phữ hợp. Do đủ, Nhà nước trao quyền cho KTNN xõy dựng và tổ chức thực hiện chuẩn mực kiểm toỏn, qui trớnh kiểm toỏn và cỏc phương phỏp chuyờn mún nghiệp vụ ỏp dụng trong hoạt động của mớnh. Tuy nhiờn, khúng thể trao cho KTNN trỏch nhiệm vú giới hạn, bởi vớ hoạt động của KTNN chỉ tuõn thủ phỏp luật. Do đủ, việc xõy dựng và ban hành cỏc văn bản nghiệp vụ cũng phải phữ hợp với cỏc văn bản phỏp luật của Việt Nam.
c) Thẩm quyền điều tra, quyền điều tra là một biện phỏp nghiệp vụ khúng thể thiếu được trong cúng việc kiểm toỏn, nhất là cỏc trường hợp củ dấu hiệu vi phạm phỏp luật. Đa số luật kiểm toỏn của cỏc nước đều nhấn mạnh ý nghĩa cỏc quyền điều tra, thúng qua việc này để ngăn chặn hành động cản trở KTV thực hiện cỏc quyền hạn theo luật định; nhằm tăng cường vị trỡ của KTNN với cỏc đơn vị bị kiểm toỏn và tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động của KTV.
d) Quyền thực thi, đa số luật kiểm toỏn của cỏc nước qui định việc thực thi kết luận kiểm toỏn, tuỳ thuộc vào mức độ sai sủt đó được kết luận, để KTNN đưa ra kiến nghị xử lý và biện phỏp khắc phục cỏc sai sủt đó được kết luận. Cỏc đơn vị bị kiểm toỏn phải trớnh bày những biện phỏp khắc phục và thời hạn để khắc phục cỏc sai sủt đủ. Nếu đơn vị bị kiểm toỏn khúng thực hiện, KTNN củ quyền thúng bỏo cho cơ quan quản lý cấp trờn trực tiếp của đơn vị đủ hoặc cơ quan nhà nước củ thẩm quyền xử lý theo qui định của phỏp luật.