Do đặc điểm sản xuất hàng hóa và cung ứng dịch vụ xuất khẩu, KCX được pháp luật quy định những quy chế riêng áp dụng cho phù hợp. Theo đó, những quy định được áp dụng riêng cho KCX gồm:
- Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu phi thuế quan theo quy định của pháp luật. Quy định là doanh nghiệp chế xuất được ghi trong Giấy chứng nhận đầu tư.
- Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra, vào, bảo đảm điều kiện cho sự kiểm soát của Hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan.
- Doanh nghiệp chế xuất được mua văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa Việt Nam để phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp. Doanh nghiệp chế xuất được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu và hải quan đối với những loại hàng hóa này.
- Thủ tục hải quan, kiểm tra và giám sát hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo pháp luật về hải quan.
- Quan hệ trao đổi hàng hóa giữa các khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, trừ khu phi thuế quan, là quan hệ xuất, nhập khẩu.
- Cán bộ, công nhân viên làm việc trong khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất khi mang ngoại hối từ nội địa Việt Nam vào khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất và ngược lại không phải khai báo hải quan.