Pháp luật không quy định về chấm dứt Hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất nhƣng theo quy định về chấm dứt thế chấp tài sản thì Hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất chấm dứt khi:
Thứ nhất, việc thế chấp quyền sử dụng đất đƣợc hủy bỏ hoặc đƣợc thay thế bằng biện pháp bảo đảm khác.
Việc hủy bỏ hợp đồng dân sự đƣợc thực hiện khi một bên có quyền huỷ bỏ hợp đồng và không phải bồi thƣờng thiệt hại khi bên kia vi phạm hợp đồng là điều kiện hủy bỏ mà các bên đã thoả thuận hoặc pháp luật có quy định. Tuy nhiên đối với việc hủy bỏ hợp đồng thế chấp tài sản nói chung hay hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất nói riêng phải đƣợc bên nhận thế chấp đồng ý. Đó là trƣờng hợp hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất chấm dứt trƣớc thời hạn. Bên thế chấp có thể thực hiện nghĩa vụ trả tiền cho bên nhận thế chấp trƣớc thời hạn nếu đƣợc sự đồng ý của bên nhận thế chấp, bên nhận thế chấp giao lại giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Sau đó, một trong hai bên thực hiện việc đăng ký hủy thế chấp tại Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất. Hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất chấm dứt kể từ thời điểm thực hiện xong việc đăng ký hủy thế chấp.
Bên thế chấp có thể thay đổi hình thức bảo đảm khác nhƣ bảo lãnh, cầm cố nếu việc thay đổi đó vẫn đảm bảo đƣợc nghĩa vụ trả nợ cho bên nhận thế chấp.
Thứ hai, nghĩa vụ trả nợ đƣợc hoàn thành:
Đó là khi bên có nghĩa vụ trong quan hệ nghĩa vụ đƣợc bảo đảm bằng việc thế chấp đã thanh toán tiền vay đƣợc bảo đảm bằng quyền sử dụng đất thế chấp cho bên nhận thế chấp. Trong trƣờng hợp này, các bên giải phóng quyền và nghĩa vụ đã đƣợc xác lập, bên nhận thế chấp hoàn trả lại giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho bên thế chấp, hai bên thực hiện việc đăng ký xoá thế chấp tại Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất theo thủ tục do pháp luật quy định. Sau khi thực hiện xong việc xoá đăng ký thế chấp, hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất chấm dứt.
Thứ ba, các bên tham gia hợp đồng có thể thoả thuận về việc chấm dứt hợp đồng nhƣ thoả thuận thay đổi tài sản thế chấp là quyền sử dụng đất bằng tài sản thế chấp khác và khi đó hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất đƣơng nhiên chấm dứt.
Việc chấm dứt hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất theo sự thỏa thuận của các bên. Bên thế chấp và bên nhận thế chấp thỏa thuận hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất chấm dứt trƣớc thời hạn khi bên vay chƣa hoàn thành nghĩa vụ trả nợ. Trong trƣờng hợp này, khoản vay từ có bảo đảm chuyển sang khoản vay không có bảo đảm. Bên cạnh đó, còn có trƣờng hợp hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất đƣợc thay thế bằng biện pháp bảo đảm khác. Điều này do thỏa thuận của các bên về việc thay thế tài sản thế chấp này bằng tài sản thế chấp khác hoặc thay đổi biện pháp bảo đảm nhƣ bảo lãnh. Khi các bên thay đổi biện pháp bảo đảm thì hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất đã ký kết sẽ chấm dứt. Khi các bên thay đổi biện pháp bảo đảm thì phải tiến hành đăng ký lại giao dịch bảo đảm nhƣ một trƣờng hợp mới.
Thứ tư, quyền sử dụng đất đã đƣợc xử lý: Đây là trƣờng hợp khi đã đến hạn thực hiện nghĩa vụ đƣợc bảo đảm bằng thế chấp quyền sử dụng đất mà bên thế chấp không thực hiện hoặc thực hiện không đúng nghĩa vụ thì quyền sử dụng đất đã thế chấp đƣợc xử lý theo thoả thuận; nếu không có thoả thuận hoặc không xử lý đƣợc theo thoả thuận thì bên nhận thế chấp khởi kiện tại Toà án.
Thứ năm, Hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất bị Tòa án tuyên vô hiệu. Với các quy định chồng chéo và dày đặc về thế chấp quyền sử
dụng đất, tài sản gắn liền với đất nhƣ hiện nay thì việc hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất bị tòa án tuyên vô hiệu là khá phổ biến nhƣ trƣờng hợp vi phạm các quy định về tƣ cách chủ thể, hình thức, đối tƣợng hợp đồng vi phạm các điều cấm của pháp luật. Đối với việc tuyên hợp đồng thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất vô hiệu sẽ làm chấm dứt biện pháp bảo đảm bằng chính tài sản thế chấp đó nhƣng không làm thay đổi hợp đồng tín dụng đƣợc ký kết giữa bên vay với tổ chức tín dụng. Tuy nhiên khi không còn tài sản để bảo đảm thì hợp đồng tín dụng khó có thể tiếp tục thực hiện vì rủi ro rất lớn đối với bên cho vay là tổ chức tín dụng.