Thứ nhất, sự vi phạm nguyên tắc xét xử độc lập và chỉ tuân theo pháp luật của Thẩm phán vẫn xảy ra
Thứ hai, hoạt động xét xử các vụ án hình sự của Thẩm phán quá lệ thuộc vào kết quả của hoạt động điều tra ban đầu. Mặc dù Điều 222 khoản 3
Bộ luật Tố tụng hình sự đã quy định: "Khi nghị án chỉ được căn cứ vào các
chứng cứ và tài liệu đã được thẩm tra tại phiên toà, trên cơ sở xem xét đầy đủ, toàn diện các chứng cứ, ý kiến của Kiểm sát viên, bị cáo, người bào chữa và những người tham gia tố tụng khác tại phiên toà".
Thứ ba, trong hoạt động xét xử một số Thẩm phán vẫn còn bị tác động bởi các yếu tố tiêu cực từ phía những người tham gia tố tụng.
Ví dụ: Nguyên tắc Thẩm phán xét xử độc và chỉ tuân theo pháp luật là nguyên tắc hiến định và phải được bảo đảm. Tuy nhiên, theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự, Chánh án vẫn có những ảnh hưởng nhất định đến hoạt động xét xử của Thẩm phán. Thông qua hoạt động họp bàn, nhiều Chánh án đã can thiệp vào hoạt động xét xử của Thẩm phán được giao thụ lý vụ án. Ngoài những ý nghĩa tích cực, việc tham gia của Chánh án vào hoạt động xét xử còn nhiều trường hợp bị chuyển hóa thành hành vi làm dụng chức danh quản ký đơn vị, chỉ đạo Thẩm phán mà Thẩm phán không thể không nghe. Hay sự tác động của cấp ủy đảng. Ví dụ như vụ Đồ Sơn năm 2005. Hiến pháp hay các văn bản luật đều nhấn mạnh "khi xét xử Thẩm phán và hội thẩm độc lập chỉ tuân theo quy định của pháp luật", nhưng thực tế chứng minh Thẩm phán vẫn chịu tác động của cấp ủy Đảng vì lý do: "Đảng lãnh đạo". Tuy nhiên, khi kết án oan sai lại chỉ có Thẩm phán, Hội thẩm nhân dân phải chịu trách nhiệm.
Ngoài ra, thẩm phán còn chịu sự tác động của các cá nhân, tổ chức khác. Sự tác động này mang tính chất thường xuyên ví dụ như sự tác động của người tham gia tố tụng, những người này thường thông qua các quan hệ thân quen trực tiếp hay gián tiếp nhờ những cá nhân có chức vụ để tác động Thẩm phán giảm nhẹ hình phạt, được hưởng án treo. Để đạt được những điều đó, những chủ thể này không từ thủ đoạn từ dùng tiền để mua chuộc Thẩm phán đến đe dọa, ép buộc chính Thẩm phán hoặc người thân trong gia đình của Thẩm phán.
Sự tác động của báo chí, cơ quan truyền thông khiến tính khách quan trong hoạt động xét xử của Thẩm phán không được đảm bảo. Khi xét xử một vụ án có liên quan đến những nhân vật nổi tiếng, ca sĩ, diễn viên, người mẫu... Những người mà báo chí tích cực đưa tin, bình luận gây sức ép từ dư luận thì Thẩm phán thường chịu ảnh hưởng tâm lý có thể là đọc những bình luận đánh giá về vụ án rồi bị tác động hoặc là dựa vào xu hướng của dư luận để ra án. Ví dụ gần đây nhất là vụ việc giải quyết tranh chấp liên quan đến hoa hậu Trương Hồ Phương Nga.
Nguyên nhân:
+ Những quy định về địa vị pháp lý của Thẩm phán trong Bộ luật Tố tụng hình sự chưa đáp ứng được công tác cải cách tư pháp ở nước ta trong giai đoạn hiện nay.
+ Về thành phần của Hội đồng xét xử: Quy định việc tham gia của Hội thẩm là cần thiết nhưng số lượng hội thẩm lại chiếm đa số là chưa phù hợp. Ngoài ra các quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự về giới hạn xét xử, về thành phần nghị án, về chế độ Tòa án xét xử tập thể…
+ Luật còn giao cho Tòa án một số nhiệm vụ quyền hạn không thuộc chức năng xét xử như: Điều 13, Điều 104, Điều 179.
+ Việc tổ chức hệ thống Tòa án ở nước ta theo đơn vị hành chính làm ảnh hưởng đến địa vị pháp lý của Thẩm phán (Điều 3, Luật Tổ chức Tòa án
năm 2014). Trong khi với cơ cấu bộ máy hiện nay cho thấy Thẩm phán và Đảng ủy như quan hệ giữa "Cấp trên và cấp dưới". Ngay cả khi Luật quy định cấp ủy chỉ "nêu vấn đề" mà không "duyệt án" như trước đây, nhưng Thẩm phán cũng không đảm bảo hoàn toàn độc lập khi xét xử.
+ Chế độ nhiệm kỳ
+ Các nguyên nhân khác: chuyên môn nghiệp vụ, chế độ đãi ngộ.