Nét cơ bản của cơ chế điều hành trần lãi suất, đó là Ngân hàng Nhà nước đã thay đổi căn bản cơ chế điều hành linh hoạt trần lãi suất, bước đầu đã thực hiện tự do hóa lãi suất huy động (lãi suất đầu vào của ngân hàng thương mại) và linh hoạt trần lãi suất cho vay (lãi suất đầu ra). Cơ chế lãi suất này đã góp phần duy trì sự tăng trưởng kinh tế, kiểm soát lạm phát, ổn định sức mua của VND trong sự tương quan của các đồng tiền trong khu vực do có khủng hoảng tiền tệ năm 1997-1998 ở các nước Đông Nam Á.
Ngân hàng Nhà nước tiếp tục ấn định mức lãi suất tái cấp vốn và có những đổi mới căn bản về điều hành lãi suất:
• Thay vì qui định khung lãi suất tối thiểu về tiền gửi - lãi suất tối đa về tiền vay, Ngân hàng Nhà nước chỉ qui định các mức lãi suất “trần” theo thời hạn cho vay và khống chế chênh lệch giữa lãi suất cho vay và lãi suất huy động vốn bình quân là 0,35%/tháng (4,2%/năm) để khắc phục tình trạng hầu hết các ngân hàng thương mại đều có mức lợi nhuận cao trong khi các doanh nghiệp lại gặp khó khăn về tài chính (khi thực hiện cơ chế lãi suất thoả thuận ở giai đoạn trước).
• Đến cuối tháng 1/1998, Ngân hàng Nhà nước xoá bỏ qui định chênh lệch lãi suất, chỉ còn qui định trần lãi suất cho vay. Cùng với nới lỏng sự kiểm soát lãi suất, Ngân hàng Nhà nước liên tục điều chỉnh trần lãi suất cho vay theo hướng giảm cơ cấu trần và mức khống chế, đặc biệt trong năm các năm 1998, 1999.
• Trong năm1997, Ngân hàng Nhà nước đã thay đổi hình thức qui định lãi suất tái cấp vốn, chuyển sang qui định mức lãi suất cụ thể. Mức lãi suất tái cấp vốn cũng được điều chỉnh giảm xuống trong thời gian này (từ 1,1% năm 1997 xuống 0,7%/tháng từ 4/9/1999) để phù hợp với chỉ số lạm phát, quan hệ cung- cầu vốn trên thị trường và thực hiện giải pháp kích cầu về đầu tư của Chính phủ.
• Để bổ sung thêm công cụ điều hành lãi suất, tháng 11/1999 Ngân hàng Nhà nước đưa vào sử dụng nghiệp vụ chiết khấu, tái chiết khấu giấy tờ có giá cho các Ngân hàng thương mại, lãi suất tái chiết khấu được qui định ở mức thấp hơn 0,05%/tháng so lãi suất tái cấp vốn.
• Tháng 7/2000, Ngân hàng Nhà nước đưa vào sử dụng nghiệp vụ thị trường mở, lãi suất thị trường mở được hình thành qua các phiên giao dịch. Việc điều chỉnh chính sách lãi suất như trên nhằm tiến tới việc duy trì một trần lãi suất cho vay, tạo điều kiện để áp dụng mức lãi suất cơ bản và từng bước tự do hoá lãi suất, mặt khác nhằm mục đích kích cầu thúc đẩy đầu tư và tiêu dùng. Tuy nhiên ảnh hưởng của lãi suất đối với tổng cầu của nền kinh tế Việt Nam rất hạn chế. Có hai lý do: trước hết, việc giảm phát trong thời gian từ 1996 xuất phát từ sự suy giảm các yếu tố sản xuất liên quan đến tổng cung nhiều hơn tổng cầu, vì thế các chính sách vĩ mô tác động vào tổng cầu sẽ chỉ đem lại hiệu quả hạn chế, thứ hai, sự điều chỉnh lãi suất thường là chậm so với thị trường, nên mất đi lợi thế bất ngờ của sự thay đổi lãi suất. Hơn nữa việc sử dụng các công cụ gián tiếp khác chưa thực sự có hiệu quả, việc điều hành trần lãi suất vẫn là một biện pháp can thiệp hành chính của Nhà nước do vậy đã hạn chế tính chủ động, linh hoạt trong kinh doanh của các tổ chức tín dụng, hạn chế việc hình thành và phát triển của các công cụ tài chính, có nguy cơ làm suy yếu năng lực tài chính của tổ chức tín dụng.