Nội dung của CTMT không vi phạm pháp luật, không vi phạm thuần phong mỹ tục, đạo đức; không có hại cho quốc phòng, an ninh quốc gia. Đây được xem như là yêu cầu không thể thay đổi của không chỉ việc bảo hộ CTMT mà còn là yêu cầu bảo hộ của tất cả các đối tượng của quyền SHTT và các quan hệ dân sự khác. Đối với CTMT phái sinh thì chỉ được bảo hộ theo nếu không gây phương hại đến QTG đối với CTMT được dùng để làm CTMT phái sinh.
Dựa theo từng tiêu chí khác nhau chúng ta có sự phân loại về CTMT như sau:
Thứ nhất: theo phương thức hoạt động, CTMT gồm chương trình hệ thống, chương trình ứng dụng và chương trình chuyển dịch.
Chương trình hệ thống (phần mềm hệ thống): là chương trình dùng để tổ chức và duy trì hoạt động của một hệ thống hoặc một thiết bị số. Chương trình hệ thống có thể tạo môi trường cho các phần mềm ứng dụng làm việc trên đó và luôn ở trạng thái làm việc khi thiết bị số hoạt động. Chương trình này dùng để vận hành máy tính và các phần cứng máy tính, ví dụ như hệ điều hành máy tính Window XP, Linux, Unis…
Chương trình ứng dụng (phần mềm ứng dụng): là chương trình được phát triển và cài đặt trên một môi trường nhất định, nhằm thực hiện những
công việc, những tác nghiệp cụ thể, ví dụ như phần mềm văn phòng (Microsoft Offices), phần mềm trò chơi, phần mềm giáo dục, chương trình tiện ích.
Chương trình chuyển dịch mã (phần mềm chuyển dịch mã) bao gồm: trình biên dịch và thông dịch. Các loại chương trình này sẽ đọc các câu lệnh từ các mã nguồn được viết bởi các lập trình viên bằng một ngôn ngữ lập trình và dịch nó sang dạng ngôn ngữ máy mà máy tính có thể hiểu được.
Thứ hai, theo khả năng ứng dụng, CTMT gồm có chương trình nhúng, chương trình đóng gói, chương trình chuyên dụng và thông tin số hóa.
Chương trình nhúng (phần mềm nhúng): là chương trình được nhà sản xuất thiết bị cài sẵn vào thiết bị và chúng được sử dụng ngay cùng với thiết bị mà không cần có sự cài đặt của người sử dụng hay người thứ ba.
Chương trình đóng gói (phần mềm đóng gói): là chương trình có thể sử dụng được ngay sau khi người sử dụng hoặc nhà cung cấp dịch vụ cài đặt vào các thiết bị hay hệ thống. Các chương trình này thường được cung cấp qua dạng đĩa mềm, đĩa CD, qua bất kể vật mang tin nào khác hay thông qua mạng máy tính.
Chương trình chuyên dụng (phần mềm chuyên dụng): là chương trình được phát triển theo yêu cầu cụ thể và riêng biệt của khách hàng. Chương trình chuyên dụng có thể được phát triển từ đầu hoặc được thiết kế theo yêu cầu của khách hàng dựa trên cơ sơ các chương trình đã có trên thị trường.
Thông tin số hóa: là nội dung thông tin số hóa được lưu trữ trên một vật [8].