Bộ luật hình sự năm 1999 mới được sửa đổi bổ sung năm 2009 nhưng vẫn còn nhiều điều luật chưa phù hợp.
Điều 250 BLHS quy định "Người nào không hứa hẹn trước mà chứa chấp, tiêu thụ tài sản biết rõ là do người khác phạm tội mà có…". Ví dụ A tiêu thụ tài sản của B trộm cắp được có giá trị dưới 2.000.000 đồng, nếu B chưa bị xử lý hành chính về hành vi chiếm đoạt hoặc chưa có tiền án về tội chiếm đoạt tài sản mà chưa được xóa án tích thì B không đủ dấu hiệu pháp lý cấu thành tội "Trộm cắp tài sản" và A cũng không đủ dấu hiệu pháp lý cấu thành tội "Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có". Trường hợp B có tiền án về tội chiếm
đoạt tài sản chưa được xóa án tích hoặc đã bị xử phạt hành chính về hành vi chiếm đoạt tài sản thì B phạm tội "Trộm cắp tài sản" và A tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội cũng đủ dấu hiệu cấu thành tội "Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có", trong trường hợp này A phải chịu trách nhiệm hình sự vì yếu tố nhân thân của B. Điều này là không hợp lý và không công bằng đối với A.
Điều 139 BLHS quy định "Người nào bằng thủ đoạn gian dối chiếm đoạt tài sản của người khác…", Điều 140 quy định "Người nào có một trong các hành vi sau đây chiếm đoạt tài sản của người khác … Vay, mượn, thuê tài sản của người khác hoặc nhận được tài sản của người khác bằng các hình thức hợp đồng rồi dùng thủ đoạn gian dối hoặc bỏ trốn để chiếm đoạt tài sản đó…". Ví dụ: A vay tiền của B thông qua hợp đồng và ghi rõ là nhằm mục đích kinh doanh nhưng sau khi vay được tiền thì B chỉ dùng một phần rất nhỏ vào mục đích kinh doanh, hoặc thậm chí dùng hoàn toàn số tiền vay vào mục đích khác và cố tình chiếm đoạt số tiền đó. Nhưng do pháp luật thiếu đồng bộ, không thể kiểm soát việc chi tiêu thực tế của các cá nhân, tổ chức trong xã hội nên rất khó khăn trong việc xác định dấu hiệu gian dối để truy cứu trách nhiệm hình sự đối với A hoặc xác định thời điểm dùng thủ đoạn gian dối trước hay sau khi nhận được tài sản để xác định tội danh là lừa đảo hay lạm dụng hoặc người nhận được tài sản cố tình chiếm đoạt và không bỏ trốn thì cũng rất khó truy cứu trách nhiệm hình sự đối với họ. Người bị chiếm đoạt tài sản chỉ còn cách khởi kiện dân sự. Trong khi việc thi hành án dân sự hiệu quả rất thấp. Người dân bị kẻ khác lợi dụng sơ hở của pháp luật chiếm đoạt tài sản của mình, đứng nhìn kẻ chiếm đoạt tài sản nhởn nhơ ngoài vòng pháp luật. Các cơ quan bảo vệ pháp luật lúng túng, thậm chí bất lực trong việc bảo vệ quyền sở hữu hợp pháp tài sản của người dân vì thiếu quy định cụ thể của pháp luật. Điều này khiến người dân và dư luận xã hội vô cùng bức xúc, đòi hỏi cần sớm hoàn thiện quy định của BLHS để khắc phục bất cập này.
Điều 304 BLHS, tội không chấp hành án, quy định "Người nào cố ý không chấp hành bản án đã có hiệu lực pháp luật của Tòa án dù đã bị áp dụng
biện pháp cưỡng chế cần thiết, thì bị phạt…". Trong thực tế hầu như chưa đưa ra xét xử được vụ án nào với tội danh này. Do thiếu quy định của pháp luật về quản lý tài sản của người phải thi hành bản án, nên cơ quan có thẩm quyền không kiểm soát được tài sản của người phải thi hành án. Mặc dù họ có tài sản nhưng vẫn cố ý không chấp hành án bằng cách nhờ người thân quen, đứng tên sở hữu tài sản có đăng ký quyền sở hữu, còn những tài sản không phải đăng ký quyền sở hữu thì thông qua hợp đồng thuê, mượn tài sản của người khác và họ vẫn thường xuyên sử dụng tài sản đó, khiến cơ quan thi hành án không thể thi hành được bản án, cơ quan bảo vệ pháp luật không thể truy cứu trách nhiệm hình sự đối với người cố ý không chấp hành bản án của Tòa án. Người được thi hành án đã mất tài sản lại còn mất thêm thời gian, công sức đi khởi kiện mà vẫn không đòi được tài sản. Đây là một trong những nguyên nhân mà người dân không muốn lựa chọn con đường tố tụng dân sự tại Tòa án, giảm niềm tin vào hiệu lực, hiệu quả của các cơ quan tư pháp. Vì vậy cần sớm sửa đổi quy định tại điều luật này cho phù hợp với thực tế và hỗ trợ tích cực cho việc thi hành bản án của Tòa án, đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật.
Điều 245 BLHS, tội gây rối trật tự công cộng, quy định "Người nào gây rối trật tự công cộng gây hậu quả nghiêm trọng…". Khách thể được điều luật này bảo vệ là trật tự công cộng. Hành vi phạm tội gây rối loạn trật tự công cộng, gây cản trở hoặc ảnh hưởng đến sinh hoạt chung của đời sống cộng đồng. Tuy nhiên trong thực tế việc áp dụng điều luật này còn mang tính gán ghép. Ví dụ: A, B, C bàn nhau gây thương tích cho Y và phục đón đường đánh Y trên đoạn đường đê vào ban đêm hầu như không có người qua lại, cách xa nơi có dân cư. Cả 3 tên A, B, C đều dùng tay chân đấm đá Y, khi Y bỏ chạy chỉ có mình A tiếp tục đuổi đánh Y và Y tự vệ thì bị A rút dao thủ sẵn trong người đâm 01 nhát dẫn đến cái chết của B. Kết quả khám nghiệm tử thi xác định ngoài vết dao gây ra cái chết cho Y thì không còn thương tích nào khác. Tuy nhiên sau khi xảy ra vụ án cơ quan điều tra đã bắt giam cả 03 bị cáo A, B, C
để điều tra và chuyển Viện kiểm sát truy tố A về tội "Giết người" còn truy tố B, C tội "Gây rối trật tự công cộng". Hành vi đấm đá Y của B, C không gây thương tích cho Y, không hề ảnh hưởng trực tiếp đến trật tự công cộng và họ không biết A mang theo dao và đâm chết Y. Việc trót bắt giam B, C để điều tra được gán cho tội "Gây rối trật tự công cộng". Vì vậy cần sớm quy định rõ ràng dấu hiệu pháp lý cấu thành tội "Gây rối trật tự công cộng" để cơ quan tố tụng thận trọng hơn trong việc bắt tạm giam và có cơ sở để người dân bảo vệ mình.
Việc định lượng bằng số tiền cụ thể đối với một số tội về chiếm đoạt tài sản, như trộm cắp, hủy hoại, lừa đảo, lạm dụng, đưa hối lộ… có mặt tích cực là thuận lợi cho việc ADPL của cơ quan tiến hành tố tụng xác định tội danh. Nhưng tiền Việt Nam thường xuyên mất giá, mà BLHS lại không được điều chỉnh kịp thời dẫn đến giá trị tài sản thực tế chỉ đáng xử lý hành chính thì lại phải xử lý hình sự hoặc khung hình phạt thấp thì lại phải chịu tình tiết định khung cao hơn. Vì vậy nên định lượng mức tiền tương đương với bao nhiêu tháng lương tối thiểu, vì mức lương tối thiểu thường xuyên được điều chỉnh hàng năm tùy theo mức độ trượt giá của đồng tiền.
Về hình phạt thì hình phạt cải tạo không giam giữ quy định tại Điều 31 BLHS: "Cải tạo không giam giữ được áp dụng từ 06 tháng đến 03 năm đối với người phạm tội ít nghiêm trọng hoặc phạm tội nghiêm trọng do bộ luật này quy định đang có nơi làm việc ổn định hoặc nơi cư trú rõ ràng …bị khấu trừ một phần thu nhập từ 5% đến 20% để sung quỹ Nhà nước…". Thực tế Tòa án ít khi áp dụng hình phạt này và cơ quan thi hành án khó thi hành vì khó xác định được thu nhập thường xuyên của người bị kết án. Hiệu quả của hình phạt này không cao và không phù hợp với điều kiện kinh tế xã hội hiện nay của Việt Nam, cần sớm sửa đổi hoặc hủy bỏ loại hình phạt này.
Một số tội danh chỉ có BLHS Việt Nam quy định mà nhiều nước trên thế giới không quy định là tội phạm, ví dụ: Tội đánh bạc. Nhu cầu cá cược trong xã hội là có thật, tồn tại từ trong cả xã hội phong kiến và xã hội tư bản.
Thực tế không ít người dân Việt Nam thường xuyên sang các nước láng giềng để đánh bạc và Việt Nam đã xây dựng casino cho người nước ngoài đến đánh bạc. Tuy nhiều lần có dự thảo nghị định về cá cược, nhưng đến nay vẫn chưa ban hành. Một số cá nhân lén lút đứng ra tổ chức cho những người có nhu cầu đánh bạc, phát sinh việc cho vay lãi xuất cao để đánh bạc, hình thành các băng nhóm đòi nợ thuê …và nhiều tệ nạn khác mà Nhà nước không quản lý được. Trong thời kỳ quá độ tiến lên chủ nghĩa xã hội và xu thế hội nhập quốc tế sâu rộng nên tham khảo pháp luật, cũng như kinh nghiệm của các nước phát triển để quản lý những vấn đề tồn tại của xã hội một cách tốt nhất, tránh việc áp đặt duy ý chí, kịp thời sửa đổi một số tội danh của BLHS để đáp ứng yêu cầu thực tiễn của đời sống xã hội.