Sau khi ban hành việc sửa đổi, bổ sung các điều luật có liên quan đến việc làm lây lan dịch bệnh cho người, động vật, thực vật, các cơ quan tư pháp có liên quan cần ban hành các văn bản hướng dẫn thi hành các điều luật này. Việc hướng dẫn có thể bằng nghị quyết của Hội đồng thẩm phán, hoặc Thông tư liên tịch giữa Bộ Cơng an, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Tịa án nhân dân tối cao, Bộ tư pháp. Nội dung các văn bản hướng dẫn tập trung vào giải thích những tình tiết gây hậu quả nghiêm trọng, gây hậu quả rất nghiêm trọng, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng; đã bị xử lý hành chính một lần v.v.... .
Có thể nói rằng, đây là dấu hiệu hậu quả là rất khó trong Chương "Các tội phạm về mơi trường", trong đó có tội làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho người; làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho động vật, thực vật. Vì vậy, cần phải có văn bản hướng dẫn cụ thể để có thể áp dụng thống nhất trong thực tiễn điều tra, truy tố, xét xử vụ án. Mặc dù Chính phủ đã ban hành Nghị định số 113/2010/NĐ-CP ngày 3/12/2010 quy định xác định thiệt hại đối với môi trường nhưng một số vấn đề khó khăn đặt ra vì hậu quả của các tội phạm này gây nên rất đa dạng, có thể là hậu quả về môi trường, sinh thái, có thể là những thiệt hại về người, vật chất… Đặc biệt trong các trường hợp làm lây lan dịch bệnh thì hậu quả xảy ra rất lâu mới có thể phát tác, khó xác định trên diện rộng. Đối với mỗi thành phần của mơi trường bị xâm hại lại có những tiêu chí khác nhau để đánh giá mức độ thiệt hại là nghiêm trọng, rất nghiêm trọng hay đặc biệt nghiêm trọng.
Hậu quả gây ra từ ô nhiễm môi trường thường là khó xác định ngay sau khi hành vi vi phạm được thực hiện mà cần phải có một q trình chuyển hóa. Ví dụ, hành vi làm lây lan dịch bệnh có nghĩa là phát tán nguồn bệnh
nguy hiểm tại một khu vực, ảnh hưởng đến sức khỏe của con người, ảnh hưởng đến môi trường nước, đất, khơng khí. Do đặc tính tích lũy của hệ sinh thái cũng như môi trường tự nhiên, hậu quả do một hành vi vi phạm pháp luật mơi trường đơn lẻ gây ra có thể khơng nghiêm trọng, tuy nhiên việc đánh giá hậu quả thực tế cần xem xét tới tồn bộ q trình vi phạm.
Rất khó xác định được những tiêu chí để đánh giá một cách đầy đủ mức độ tác động (gây thiệt hại) của hành vi xâm phạm môi trường. Thiệt hại do hành vi xâm phạm mơi trường gây ra có loại trực tiếp có thể cân, đo, đong, đếm được; cũng có loại thiệt hại gián tiếp, tiềm ẩn thường phải ước lượng, dự đốn, khó có những tiêu chí có thể đánh giá thiệt hại một cách chính xác. Khó đưa ra các tiêu chí có đầy đủ tính khoa học và thực tiễn để xác định hậu quả ở mức này là nghiêm trọng và ở mức khác là rất nghiêm trọng hoặc đặc biệt nghiêm trọng. Thiệt hại về môi trường bao gồm nhiều yếu tố, trong đó có thể bao gồm các yếu tố chính như: Đặc điểm tự nhiên, tầm quan trọng của khu vực môi trường bị tác động; Đặc tính và mức độ độc hại của chất thải, chất gây ơ nhiễm; Các lồi sinh vật bị tác động và mức độ quý hiếm của chúng; Ước tính thời gian cần thiết để phục hồi khu vực mơi trường bị tác động; Chi phí để khắc phục thiệt hại xảy ra cho môi trường. Mức độ thiệt hại ở đây cần tính đến: 1) thiệt hại hiện thời; 2) Thiệt hại trong tương lai [25, tr.5]…
Trong trường hợp hành vi phạm tội gây ra nguy cơ đáng kể về rủi ro cho tính mạng, sức khỏe con người, hình phạt cần nghiêm khắc hơn. Quy mô của nguy cơ rủi ro cho tính mạng, sức khỏe con người cũng cần được tính đến, chẳng hạn dịch bệnh lan truyền ảnh hưởng đến nguồn nước sinh hoạt hoặc gây tác hại đến khơng khí có nguy cơ gây ảnh hưởng trên phạm vi rộng lớn hơn.
Thiệt hại về kinh tế cũng cần được xem xét, chẳng hạn lây lan dịch bệnh sẽ ảnh hưởng đến việc sản xuất và tiêu thụ sản phẩm động vật của địa phương.
Tuy nhiên, về mức định lượng thế nào là "gây hậu quả nghiêm trọng" hoặc "gây hậu quả rất nghiêm trọng", hoặc "gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng" nên được hướng dẫn theo từng điều luật cụ thể nhằm định lượng được chính xác hơn về mức độ hậu quả của từng tội danh. Như vậy, vấn đề xác định hậu quả cũng như các tiêu chí định lượng cho tính chất, mức độ của hậu quả là hết sức khó khăn, nếu như khơng nói rằng cho đến thời điểm hiện nay, vấn đề này là chưa thể thực hiện được một cách hoàn tồn chuẩn xác.
Để góp phần khắc phục vấn đề này, bên cạnh xác định rõ các yếu tố cấu thành nên "thiệt hại về mơi trường", tiêu chí xác định mức độ hậu quả, nên chăng cần đầu tư xây dựng những mơ hình tính tốn thiệt hại về mơi trường cho các nhóm tội phạm về mơi trường có những đặc điểm chung.
Những tình tiết này nên được quy định như sau:
- Gây hậu quả nghiêm trọng là làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho
người với số lượng từ 2 đến 10 người;
- Gây hậu quả rất nghiêm trọng là làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho từ 11 người đến 30 người với mức tổn hại sức khỏe đối với mỗi người từ 31% trở lên; Gây thiệt hại tài sản từ 300 triệu đồng đến dưới 500 triệu đồng là số chi cho việc ngăn chặn dịch bệnh, khắc phục hậu quả;
- Gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng là làm lây lan dịch bệnh nguy
hiểm cho từ 50 người trở lên với mức tổn hại sức khỏe đối với mỗi người từ 61% trở lên; Gây thiệt hại tài sản từ 500 triệu đồng trở lên là tiền chi cho việc ngăn chặn dịch bệnh, khắc phục hậu quả;
Về dấu hiệu "đã bị xử phạt hành chính": trong Chương "Các tội phạm về môi trường" trong CTTP của 8/10 tội có quy định về dấu hiệu này trong đó có tội làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho động vật, thực vật. Có thể nói, vấn đề không chỉ ở chỗ cần cắt nghĩa thế nào là "đã bị xử phạt hành chính", mà cịn ở chỗ cụm từ "hành vi này"được hiểu như thế nào trong một tội danh cụ
thể. Tức là chúng ta sẽ hiểu về"hành vi này" theo nghĩa rộng, chung theo tội danh hay hiểu theo nghĩa hẹp, theo từng hành vi cụ thể trong tội danh.
Theo quy định hiện hành có khá nhiều cơ quan chức năng ở trung ương và địa phương có thẩm quyền xử phạt hành chính về mơi trường. Do vậy, để có thể áp dụng chuẩn xác quy định này, các quyết định xử phạt vi phạm hành chính về làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho động vật, thực vật cần được thơng tin giữa các cơ quan có liên quan. Bên cạnh đó, việc xây dựng hệ thống dữ liệu quốc gia thông suốt và cập nhật về các quyết định xử phạt hành chính về mơi trường cũng đóng vai trị quan trọng.
Ngoài ra, quy định "đã bị xử phạt hành chính" cần được hiểu là hành vi vi phạm đã từng bị xử phạt hành chính, chưa hết thời hạn một năm lại tiếp tục vi phạm hay là hành vi vi phạm đã bị xử phạt hành chính, đã hết thời hạn 1 năm hiệu lực. Để bảo đảm tính răn đe nên áp dụng quy định này cho tất cả các hành vi vi phạm đã bị xử phạt hành chính mà khơng tính đến yếu tố thời hiệu.
Đối với hai dấu hiệu nêu trên, BLHS sửa đổi, bổ sung 2009 đã có những thay đổi về vấn đề này. Theo đó, dấu hiệu "đã bị xử phạt hành chính" và dấu hiệu "hậu quả" khơng cịn là dấu hiệu bắt buộc để kết tội người vi phạm.