PHẦN 4 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.2. SỰ LƯU HÀNH CỦA aMPV Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC
4.2.3. Phân tích trình tự gen các chủng aMPV phát hiện được ở miền Bắc
Để hiểu rõ hơn về chủng aMPV phát hiện, nghiên cứu đã giải mã và phân tích trình tự gen mã hóa protein G của 3 mẫu bệnh phẩm dương tính. Kết quả giải mã gen trình bày ở hình 4.9 và 4.10.
Hình 4.9 và 4.10 cho nhận xét chung: trình tự gen mã hóa protein G của aMPV khá đa dạng. Các biến đổi được tổng hợp như sau: (i) 384/429 (chiếm 89,5%%) vịtrí không có thay đổi nucleotide (invariable sites); (ii) 45/429 (chiếm 10,5%) vị trí có thay đổi (đa hình nucleotide, polymorphic sites). Trong các vị trí này, có 17 vịtrí được xếp vào nhóm “vị trí có thông tin” (parsimony-informative site, là vị trí mà ở đó có ít nhất 2 sựthay đổi loại nucleotide và mỗi một loại thay đổi nucleotide xuất hiện ở ít nhất 2 trình tự khác nhau). 17 vị trí nucleotide này bao gồm vị trí: 19, 20, 66, 76, 91, 133, 138, 153, 174, 176, 189, 201, 251, 254, 291, 356 và 366.
Ghi chú: bộ ba nucleotide dẫn tới thay đổi amino acid mã hóa được đóng khung. Dấu “.” biểu thị các vị trí có nucleotide giống với chủng tham chiếu là VCO3/60616
Ghi chú: bộ ba nucleotide dẫn tới thay đổi amino acid mã hóa được đóng khung. Dấu “.” biểu thị các vị trí có nucleotide giống với chủng tham chiếu là VCO3/60616
Hình 4.10. Trình tự nucleotide 221- 429 của gen mã hóa protein G
Về mức tương đồng trình tự nucleotide, 3 chủng aMPV phát hiện được tại miền Bắc giống 96,9% - 99,7% so với 15 chủng tham chiếu. Trình tựđầu 5’ mã hóa protein G (nucleotide 1- 429) của 3 chủng aMPV kể trên (GA20.07, GE20.117, GK9.147) giống 99,5% so với chủng aMPV có tính độc VCO3/60616 (Sugiyama & cs., 2010). Kết quả phân tích trình tự gen của 3 chủng aMPV tiếp tục được trình bày ở hình 4.11.
Ghi chú: Dấu “.” biểu thị các vị trí có nucleotide giống với chủng tham chiếu là VCO3/60616
Hình 4.11. Trình amino acid của gen mã hóa protein G
Về mức tương đồng trình tự amino acid, 3 chủng aMPV phát hiện được tại miền Bắc giống 93,0% - 100% so với 15 chủng tham chiếu. Trình tự đầu N protein G (amino acid 1- 143) của 3 chủng aMPV kể trên (GA20.07, GE20.117, GK9.147) giống 99,3% so với chủng aMPV có tính độc VCO3/60616 (Sugiyama & cs., 2010). Như vậy, phân tích trình tự gen và so sánh mức tương đồng (hình 4.9- hình 4.11) cho biết 3 chủng aMPV phát hiện được là giống so với các chủng aMPV có mặt ở nhiều nước trên thế giới. Nhằm xác định rõ về genotype của aMPV tại miền Bắc, cây phát sinh chủng loại đã được xây dựng dựa vào gen mã hóa protein G.