PHẦN 4 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.2. SỰ LƯU HÀNH CỦA aMPV Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC
4.2.4. Phân tích mối liên hệ di truyền các chủng aMPV ở miền Bắc
Khi số lượng trình tự gen càng lớn, mối liên hệ di truyền giữa các chủng virus càng chính xác. Do vậy, nghiên cứu này đã phân tích mối liên hệ của 4 chủng aMPV so với 242 chủng aMPV có trình tự mã hóa protein G công bố ở GenBank. Cây phát sinh chủng loại được trình bày ở hình 4.12.
Ghi chú: gốc của cây phát sinh chủng loại được suy diễn dựa vào phương pháp midpoint- root tích hợp trong phần mềm FigTree. Để dễ nhìn, giá trị bootstrap chỉ được hiện thị ở các nhánh chính của cây phát sinh chủng loại. Các nhánh chính của 4 subtype aMPV được đánh dấu tương ứng. Nhánh dẫn tới 3 chủng
aMPV phát hiện được trong nghiên cứu này đã được đánh dấu màu đỏ.
Hình 4.12. Cây phát sinh chủng loại aMPV dựa vào gen mã hóa protein G
Dựa vào đặc điểm phân nhánh (hình 4.12), đã xác định có 4 subtype của aMPV phù hợp với các công bố trên thế giới (Alvarez & cs., 2003; Chacón & cs., 2007). Theo đó, 3 chủng aMPV thuộc về aMPV/B. Đặc điểm phân nhóm của aMPV aMPV/B chứa chủng của Việt Nam được cụ thể hóa ở hình 4.13.
Các kết quả phân tích cây phát sinh chủng loại xác nhận cả 3 chủng virus mà nghiên cứu phát hiện được thuộc aMPV/B của aMPV. Mặc dù cùng thuộc aMPV/B, nhưng 3 chủng này nằm ở 2 nhánh khác nhau của cây phát sinh chủng
loại. Kết quả này gợi ý về nguồn gốc khác nhau của 3 chủng aMPV phát hiện được ở miền Bắc. Virus cùng nhóm với 3 chủng của Việt Nam đã được phát hiện ở nhiều nước thuộc châu Âu, châu Á và châu Mỹ, ví dụ Pháp, Đức, Ý, Nga, Anh, Pakistan, Trung Quốc, Brazil, v.v...
Kết quả phân tích trình tự gen kể trên xác nhận sựlưu hành aMPV/B ở gà nuôi tại miền Bắc Việt Nam. Đặc điểm này là phù hợp, bởi hầu hết các nghiên cứu trước đây về sự lưu hành phát hiện aMPV/B phổ biến hơn trong các trang trại ở hầu hết các lục địa như châu Âu (Naylor C. & cs., 1997a; Bayon-Auboyer & cs., 1999; Hafez & cs., 2000), Nam Mỹ (Chacón & cs., 2007). aMPV/B hiện cũng đang lưu hành tại các nước châu Á, như Trung Quốc ((Yu M. & cs., 2019), Nhật Bản (Mase & cs., 2003), Malaysia (Liml & cs., 2009), Jordan (Roussan & cs., 2008). Song cũng không loại trừ việc có thể tồn tại các subtype khác do 3 subtype được chứng minh lưu hành ở gà là aMPV/A, aMPV/B, và aMPV/C (Wei & cs., 2013). Vì vậy, cần tiếp tục mở rộng nghiên cứu để làm rõ một cách toàn diện về sựlưu hành các subtype aMPV ở Việt Nam...
Ghi chú: Nguồn gốc (quốc gia) của các chủng aMPV được ký hiệu kèm theo. 3 chủng aMPV phát hiện được trong nghiên cứu này đã được đánh dấu màu đỏ.
PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ5.1. KẾT LUẬN