1. Một số quy định hiện hành về tự chủ tài chính của các tổ chức KH&CN
1.3 Về kiểm soát chi
Đối với các tổ chức khoa học và công nghệ công lập thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm, việc kiểm soát chi qua Kho bạc Nhà nƣớc đƣợc thực hiện theo quy định tại NĐ 115; Thông tƣ Liên tịch số 12/2006/TTLT/BKHCN-BTC-BNV ngày 05/06/2006 của Liên bộ Khoa học công nghệ, Bộ Tài chính, Bộ nội vụ hƣớng dẫn thực hiện NĐ 115 và theo nguyên tắc, quy trình kiểm soát, thanh toán quy định tại Thông tƣ số 81/2006/TT-BTC ngày 06 tháng 9 năm 2006 Hƣớng dẫn chế độ kiểm soát chi đối với các đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính.
Tổ chức KH&CN phải mở tài khoản riêng cho sản xuất kinh doanh (kể cả tài khoản ngoại tệ) tại Kho bạc hoặc Ngân hàng; Nghiêm cấm việc dùng kinh phí ngân sách nhà nƣớc để bù lỗ cho các hoạt động dịch vụ, liên doanh, liên kết hoặc chuyển các khoản tiền thuộc nguồn ngân sách nhà nƣớc vào tài khoản tiền gửi của đơn vị mở tại ngân hàng. Việc chuyển kinh phí từ tài khoản dự toán vào tài khoản tiền gửi mở tại Kho bạc Nhà nƣớc nơi giao dịch (trừ việc trích lập các quỹ theo quy định) đối với một số trƣờng hợp đặc biệt phải đƣợc Thủ trƣởng cơ quan tài chính đồng cấp cho phép bằng văn bản.
1.4 Chính sách ưu đãi
1.4.1 Các tổ chức khoa học và công nghệ tự trang trải kinh phí có thể đƣợc hƣởng các chính sách ƣu đãi nhƣ hỗ trợ tín dụng ƣu đãi, hỗ trợ lãi suất sau đầu tƣ, hỗ trợ đầu tƣ phát triển; thanh lý, chuyển nhƣợng tài sản do đơn vị mua sắm từ nguồn kinh phí tự có; góp vốn bằng tiền, tài sản, giá trị quyền sử dụng đất và quyền sở hữu trí tuệ để tiến hành các hoạt động khoa học và công nghệ, hoạt động sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật…
1.4.2 Đặc biệt, theo các quy định hiện hành, các tổ chức KH&CN và các doanh nghiệp đƣợc ƣu đãi về các loại thuế đối với hoạt động KH&CN:
1.4.2.1 Về thuế thu nhập doanh nghiệp:
Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hƣớng dẫn thực hiện áp dụng trƣớc ngày 1/1/2009 quy định:
- Chi phí nghiên cứu khoa học, công nghệ; sáng kiến, cải tiến đƣợc tính là các khoản chi phí hợp lý đƣợc trừ để tính thu nhập chịu thuế TNDN.
Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có đầu tƣ xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trƣờng sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất thì đƣợc miễn, giảm thuế cho phần thu nhập tăng thêm do đầu tƣ này mang lại.
- Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho các phần thu nhập có đƣợc trong các trƣờng hợp sau:
+ Phần thu nhập từ việc thực hiện các hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; dịch vụ thông tin khoa học và công nghệ.
+ Phần thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm trong thời kỳ sản xuất thử nghiệm theo đúng quy trình sản xuất, nhƣng tối đa không quá 06 tháng, kể từ ngày bắt đầu sản xuất thử nghiệm sản phẩm.
+ Phần thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên đƣợc áp dụng tại Việt Nam, nhƣng tối đa không quá 01 năm, kể từ ngày bắt đầu áp dụng công nghệ mới này để sản xuất sản phẩm.
+ Phần thu nhập từ việc thực hiện các hợp đồng dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp.
+ Miễn thuế cho phần thu nhập của các nhà đầu tƣ nhận đƣợc do góp vốn bằng: Bằng sáng chế, bí quyết kỹ thuật, quy trình công nghệ, dịch vụ kỹ thuật. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009 và các văn bản hƣớng dẫn thực hiện (Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ, Thông tƣ số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008) quy định:
- Các khoản chi xác định thu nhập chịu thuế TNDN :
Trừ các khoản chi không đƣợ c trƣ̀ khi xác đi ̣nh thu nhâ ̣p chi ̣u thuế , doanh nghiê ̣p đƣơ ̣c trƣ̀ mo ̣i khoản chi nếu đáp ƣ́ng đủ các điều kiê ̣n sau :
+ Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp;
+ Khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
Chi phí của doanh nghiệp mua hàng hoá, dịch vụ không có hoá đơn, đƣợc phép lập Bảng kê thu mua hàng hoá, dịch vụ mua vào. Bảng kê thu mua hàng hoá, dịch vụ do ngƣời đại diện theo pháp luật hoặc ngƣời đƣợc uỷ quyền của doanh nghiệp ký và chịu trách nhiệm trƣớc pháp luật về tính chính xác, trung thực. Trƣờng hợp giá mua hàng hoá, dịch vụ trên bảng kê cao hơn giá thị trƣờng tại thời điểm mua hàng thì cơ quan thuế căn cứ vào giá thị trƣờng tại thời điểm mua hàng, dịch vụ cùng loại hoặc tƣơng tự trên thị trƣờng xác định lại mức giá để tính lại chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế.
Đây là nội dung đổi mới so với các quy định trƣớc đây, tạo điều kiện thuận lợi trong hạch toán kinh tế cho các đơn vị, tổ chức sản xuất, kinh doanh, đặc biệt là các tổ chức KH&CN công lập tự trang trải kinh phí.
- Thu nhập đƣợc miễn thuế:
+ Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ ; Thu nhâ ̣p tƣ̀ doanh thu bán sản phẩm trong thời kỳ sản xuất thử nghiệm và thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm làm ra từ công nghê ̣ mới lần đầu tiên áp dụng ta ̣i Viê ̣t Nam . Thời gian miễn thuế tối đa không quá một (01) năm, kể từ ngày bắt đầu thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; ngày bắt đầu sản xuất thử nghiệm sản phẩm; ngày bắt đầu áp dụng công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam để sản xuất sản phẩm.
Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ đƣợc miễn thuế phải đảm bảo các điều kiện sau: Có chứng nhận đăng ký hoạt động nghiên cứu khoa học và đƣợc cơ quan quản lý Nhà nƣớc về khoa học có thẩm quyền xác nhận.
Thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên đƣợc áp dụng tại Việt Nam đƣợc miễn thuế phải đảm bảo công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam đƣợc cơ quan quản lý Nhà nƣớc về khoa học có thẩm quyền xác nhận .
+ Thu nhập đƣợc chia từ hoạt động góp vốn, mua cổ phần, liên doanh, liên kết kinh tế với doanh nghiệp trong nƣớc, sau khi bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, liên doanh, liên kết đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, kể cả trƣờng hợp bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, bên liên doanh, liên kết đƣợc miễn thuế, giảm thuế.
+ Khoản tài trợ nhận đƣợc để sử dụng cho hoạt động nghiên cứu khoa học.
- Ƣu đãi về thuế suất: Thuế suất ƣu đãi 10% trong thời hạn mƣời lăm năm (15 năm) áp dụng đối với danh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tƣ
thuộc các lĩnh vực công nghệ cao theo quy định của pháp luật; nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; sản xuất sản phẩm phần mềm.
- Ƣu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế: Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tƣ tại khu công nghệ cao; doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tƣ thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, sản xuất sản phẩm phần mềm đƣợc miễn thuế tối đa không quá bốn năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá chín năm tiếp theo.
Thời gian miễn thuế, giảm thuế đƣợc tính từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế; trƣờng hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế đƣợc tính từ năm thứ tƣ.
- Trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp:
Doanh nghiệp đƣợc thành lập, hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam đƣợc trích tối đa 10% thu nhập tính thuế hàng năm trƣớc khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp. Doanh nghiệp tự xác định mức trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ theo quy định trƣớc khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp . Hàng năm nếu doanh nghiê ̣p có trích lâ ̣p quỹ phát triển khoa ho ̣c công nghê ̣ thì
doanh nghiê ̣p phải lập Báo cáo trích , sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ và kê khai mức trích lập , số tiền trích lập vào tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Báo cáo việc sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ đƣợc nộp cùng tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
Trong thời hạn 5 năm, kể từ khi trích lập, nếu Quỹ phát triển khoa học và công nghệ không đƣợc sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nƣớc phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
Số tiền sử dụng không đúng mục đích thì sẽ không đƣợc tính vào tổng số tiền sử dụng cho mục đích phát triển khoa học và công nghệ.
Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập quỹ.
Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm áp dụng tại thời điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm.
Theo tính toán sơ bộ của Bộ Tài chính, 10% lợi nhuận trƣớc thuế của các doanh nghiệp ƣớc tính khoảng 12.500 tỷ đồng, tƣơng đƣơng 1% GDP và gần gấp đôi mức chi ngân sách cho KH&CN, là nguồn kinh phí đáng kể cho hoạt động KH&CN.
1.4.2.2 Về thuế GTGT:
Luật thuế GTGT và các văn bản hƣớng dẫn thực hiện áp dụng trƣớc ngày 1/1/2009 quy định:
- Đối tƣợng không chịu thuế GTGT:
+ Hàng hoá nhập khẩu: Thiết bị, máy móc, phƣơng tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tƣ xây dựng thuộc loại trong nƣớc chƣa sản xuất đƣợc nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp; Thiết bị, máy móc, vật tƣ, phƣơng tiện vận tải thuộc loại trong nƣớc chƣa sản xuất đƣợc nhập khẩu để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Trƣờng hợp cơ sở sản xuất, kinh doanh nhập khẩu dây chuyền thiết bị, máy móc đồng bộ thuộc diện không chịu thuế GTGT, nhƣng trong dây chuyền đồng bộ đó có cả loại thiết bị, máy móc trong nƣớc đã sản xuất đƣợc thì toàn bộ dây chuyền thiết bị, máy móc đồng bộ này không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng.
+ Chuyển giao công nghệ, phần mềm máy tính, trừ phần mềm xuất khẩu thuộc đối tƣợng không chịu thuế GTGT. Đối với những hợp đồng chuyển giao công nghệ có kèm theo máy móc, thiết bị thì việc không thu thuế chỉ thực hiện đối với phần giá trị công nghệ chuyển giao. Phần mềm máy tính (trừ phần mềm máy tính xuất khẩu) bao gồm sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm theo quy định của pháp luật.
+ Xuất bản, nhập khẩu và phát hành sách khoa học kỹ thuật (là sách dùng để giới thiệu, hƣớng dẫn những kiến thức khoa học, kỹ thuật có quan hệ trực tiếp đến sản xuất và các ngành khoa học, kỹ thuật).
- Áp dụng mức thuế suất 5% đối với dịch vụ khoa học và công nghệ (là các hoạt động phục vụ việc nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ nhƣ xử lý số liệu, tính toán, phân tích phục vụ cho việc nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, lập báo cáo nghiên cứu khả thi, tiền khả thi và các giải pháp thực nghiệm nhằm tạo ra công nghệ mới và sản phẩm mới; các hoạt động liên quan đến sở hữu trí tuệ; các dịch vụ về thông tin, ứng dụng, tri thức khoa học và công nghệ và kinh nghiệm thực tiễn.
Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2009 và các văn bản hƣớng dẫn thực hiện (Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ và Thông tƣ số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính) quy định:
- Đối tƣợng không chịu thuế GTGT:
+ Máy móc, thiết bị, vật tƣ thuộc loại trong nƣớc chƣa sản xuất đƣợc cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ;
+ Chuyển giao công nghệ theo quy định của Luật chuyển giao công nghệ; chuyển nhƣợng quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của Luật sở hữu trí tuệ. Trƣờng hợp hợp đồng chuyển giao công nghệ, chuyển nhƣợng quyền sở hữu trí tuệ có kèm theo chuyển giao máy móc, thiết bị thì đối tƣợng không chịu thuế GTGT tính trên phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhƣợng; trƣờng hợp không tách riêng đƣợc thì thuế GTGT đƣợc tính trên cả phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhƣợng cùng với máy móc, thiết bị.
+ Phần mềm máy tính bao gồm sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm theo quy định của pháp luật.
+ Xuất bản, nhập khẩu, phát hành báo, tạp chí, bản tin chuyên ngành, sách khoa học-kỹ thuật. (Báo, tạp chí, bản tin chuyên ngành, bao gồm cả hoạt
động truyền trang báo, tạp chí, bản tin chuyên ngành. Sách khoa học kỹ thuật là sách dùng để giới thiệu, hƣớng dẫn những kiến thức khoa học, kỹ thuật có quan hệ trực tiếp đến sản xuất và các ngành khoa học, kỹ thuật).
- Áp dụng mức thuế suất GTGT 5% đối với dịch vụ khoa học và công nghệ là các hoạt động phục vụ việc nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; các hoạt động liên quan đến sở hữu trí tuệ; các dịch vụ về thông tin, tƣ vấn, đào tạo, bồi dƣỡng, phổ biến, ứng dụng tri thức khoa học và công nghệ và kinh nghiệm thực tiễn.
1.4.2.3 Về thuế xuất nhập khẩu:
Miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tƣ phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm mà trong nƣớc chƣa sản xuất đƣợc và miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, bao gồm: Máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tƣ, phƣơng tiện vận tải trong nƣớc chƣa sản xuất đƣợc, công nghệ trong nƣớc chƣa tạo ra đƣợc; tài liệu, sách, báo, tạp chí khoa học và các nguồn tin điện tử về khoa học và công nghệ.
1.5 Quản lý và sử dụng tài sản nhà nước
Luật Quản lý, sử dụng tài sản nhà nƣớc số 09/2008/QH12 ngày 03/6/2008 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009 và Nghị định số 52/2009/NĐ-CP ngày 3/6/2009 của Chính phủ quy định chi tiết và hƣớng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý, sử dụng tài sản nhà nƣớc số 09/2008/QH12 có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/7/2009 đã tạo hành lang pháp lý rõ ràng về tự chủ trong quản lý và sử dụng tài sản nhà nƣớc tại các đơn vị sự nghiệp công lập nói chung, tổ chức KH&CN công lập nói riêng và nâng cao trách nhiệm của ngƣời đứng đầu đơn vị. Đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính đƣợc Nhà nƣớc xác định giá trị tài sản để giao cho đơn vị